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Laboratoire d'Océanographie Microbienne
UMR 7621

 

Le Laboratoire d'Océanographie MICrobienne (LOMIC) a été crée le 01 Janvier 2010. Cette Unité Mixte de Recherche Sorbonne Université-CNRS (UMR 7621) est rattachée à l'Institut National des Sciences de l'Univers (INSU) du CNRS, mais est aussi thématiquement en interaction forte avec l'Institut d'Ecologie et de l'Environnement (INEE) et l'Institut des Sciences Biologiques (INSB) du CNRS.

 

Le LOMIC rassemble des compétences dans les domaines de la biogéochimie marine, de l'écologie microbienne, de la biodiversité, de la physiologie et de l'écotoxicologie des microorganismes marins et des biotechnologies. Cette pluridisciplinarité permet d'aborder de manière originale des questions aux frontières de la science.

 

L’objectif général du LOMIC est d’étudier les interactions réciproques entre un milieu changeant et varié, l’océan, et les micro-organismes qui l’habitent de manière intégrative du gène à l'écosystème. Notre travail concerne tout à la fois des questions de recherche fondamentale (ex. réponses des microorganismes aux changements globaux de l'environnement) et de recherche appliquée avec des partenariats industriels (ex. bioremédiation, valorisation des microalgues).

 

Evaluation par le Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (Hcéres)

Le LOMIC a été évalué par Hcéres durant la campagne de la vague D (2017-2018). Vous trouverez ci-dessous les liens des différents documents constituant cette évaluation :

- Bilan scientifique (2014-2017), projet scientifique (2019-2023) et sélection de produits et d'activités de recherche du LOMIC. Lien

- Rapport du comité HCERES suite à la visite du 11-12 décembre 2017. Lien

15/09/18

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ACTUALITÉS

    • Les sources hydrothermales profondes stimulent des efflorescences phytoplanctoniques dans l’océan Austral

      Une équipe internationale incluant le LOMIC (Stéphane BLAIN, Mathieu REMBAUVILLE) révèle pour la première fois la présence d’efflorescences phytoplanctoniques directement stimulées par les apports en fer dissous de sources hydrothermales profondes dans l’océan Austral. Cette découverte a été obtenue en combinant des observations de flotteurs profileurs avec des données historiques d’éléments traces...

    • Ina Deutschmann conference

      Ina Deutschmann, postdoc researcher at the Institut de Ciències del Mar, Barcelona, will give a seminar on Tuesday 21th May at 11:00, entitled: "Disentangling environmental effects in microbial association networks".
      http://www.singek.eu/ina-deutschmann/

    • 5ème Inter-lab meeting Barcelone-Banyuls

      Les 2 et 3 Mai, une cinquantaine de chercheurs se sont réunis sur la Costa Brava pour le 5ème Inter-lab meeting. Cette rencontre, organisée par Josep Gasol (lnstitut des Sciences de la Mer, Barcelone) et Ingrid Obernosterer (LOMIC) était l’occasion d'un échange scientifique sur des recherches menées de chaque côté des Pyrénées sur le thème "Ecologie microbienne et Biogéochimie". 
      Programme scientifique...

    • Sensing the Rainbow - conference Betty Sands

      Betty Sands will give a talk on Friday the 19th April at 11:15 am at the amphitheatre.
      She will describe her findings on the responses of the green algae Ostreococcus to red, green and blue light wavelengths and discuss her plans for further analysis. Techniques include differential gene expression from RNASeq data and comparison with measurements of photosynthetic parameters using the Phyto-PAM.
      Betty...

    • Thesis defense - Stefan Lambert

      On Thursday the 18th of April at 14h, Stefan Lambert will be defending his PhD on the Seasonality and dynamics of microbial consortia in the Bay of Banyuls.This will take place in the amphitheater A. Guille.
      Résumé:Dans les océans tempérés, les transitions printanières annuelles sont accompagnées de blooms phytoplanctoniques. Le phytoplancton joue un rôle essentiel dans les cyclesbiogéochimiques et...

    • Conference Roberta Hansman

      Dr. Roberta Hansman from the International Atomic Energy Agency (Monaco) will present a conference Friday 8th March at 11:00 entitled:
      "Effects of Increased Temperature on Microbial Carbon Cycling in the Deep Ocean."
       
      https://www.researchgate.net/profile/Roberta_Hansman/research

    • Conférence Paul Steiner

      Paul Steiner, PhD student at the Dept. of Limnology & Bio-Oceanography, University of Vienna, will present a conference Friday 1st March at 11:00 entitled:
      "Bacterial community dynamics and DMSP concentrations in marine snow and the ambient water of the Adriatic Sea”
      https://www.microbial-oceanography.eu/
      https://www.youtube.com/watch?v=_8U9mPNKv3w

    • Offres de thèses 2019 - Ecole doctorale Sciences de l'Environnement

      Le LOMIC propose deux sujets de thèse au concours de l'Ecole Doctorale Sciences de l'Environnement (ED129) en 2019 :


      Sujet 1 : Rôle des interactions bactéries/microalgues dans la régulation du bloom picophytoplanctonique hivernal en baie de Banyuls (France)
      Contact : François-Yves Bouget (fy.bouget@obs-banyuls.fr)
      Détail du sujet 1
       
      Sujet 2 : Rôle de la pompe microbienne dans le cycle du carbone en Mer...

    • Post doctoral research fellow in marine molecular ecology

      A postdoc position (2 years) is available at the Laboratory of Microbial Oceanography, Observatoire Océanologique of Banyuls sur mer (France).
      Field of work
      We study the mechanisms which regulates the seasonality of phytoplanktonic blooms in temperate areas of the ocean using a gene to ecosystem approach combining (1) long term monitoring of microbial diversity in the Banyuls Bay using metabarcoding...

    • Conférence Loïs Maignien

      Loïs Maignien, maitre de conférence au Laboratoire des environnements extrêmes (UMR 6197) à l'Institut Universitaire Européen de la Mer (Université de Bretagne Occidentale), présentera le vendredi 8 février une conférence intitulée :
      "The ACE-ecogenomics project, toward a genomic atlas of the Southern Ocean plankton"
       
      http://pagesperso.univ-brest.fr/~maignien/contact.html

    • Conférence Pierre Barré

      Pierre Barré chercheur CNRS au Laboratoire de Géologie de l’ENS à Paris, donneral le vendredi à 11 h une conférence dans l’amphithéâtre.
      Caractériser et quantifier le carbone organique persistant dans les sols 
      Pierre Barré (Laboratoire de Géologie de l’ENS, UMR 8538)
      Du fait de son importance pour la qualité des sols et les régulations climatiques, la matière organique du sol (MOS) a fait l’objet de...

    • Tom Delmont conference and introduction to the anvi'o interface

      Tom Delmont, postdoc researcher at the Genoscope on the TARA Oceans project, will visit the LOMIC on Thursday 18th October.
      http://merenlab.org/tutorials/infant-gut/
      Tom will also give a research seminar at 14:00 entilted:
      "From metagenomes to genomes and back: high resolution surveys of marine microbial populations"
      https://www.researchgate.net/profile/Tom_Delmont

    • Lucas Tisserand démarre une thèse au LOMIC

      Lucas Tisserand a débuté en octobre une thèse avec un contrat doctoral de Sorbonne Université (ED129), sous la direction de Fabien Joux, sur l’étude la biodégradation de la matière organique d’origine terrigène dans les milieux aquatiques marins et d’eau douce et l’identification des acteurs microbiens. Il s’agit d’un travail qui sera réalisé en partie sur différentes plateformes expérimentales (CEREEP...

    • Arrivée de Léo Chasselin, assistant ingénieur projet ANR CINNAMON

      Léo Chasselin a intégrer le LOMIC le 3 septembre 2018 en tant qu'assistant ingénieur sur une contrat d'un an pour travailler dans le cadre du projet ANR CINNAMON.

    • Accueil au LOMIC de Valérie Barbe, chercheuse au Genoscope d’Evry

      Dans le cadre d’un accord de collaboration entre le CEA/Genoscope et le LOMIC, Valérie Barbe sera présente deux ans à Banyuls. Valérie est une microbiologiste spécialisée dans l’analyse de génomes bactériens et de données métagénomiques. Elle est impliquée dans la mission TARA-Pacific et travaillera notamment en collaboration avec Jean-François Ghiglione sur l’étude de la biodégradation des plastiques...

    • Prix du meilleur poster étudiant au 17th ISME-meeting et soutenance de thèse en octobre pour Laëtitia Dadaglio

      Laëtitia a reçu l’un des prix décernés aux meilleurs posters étudiants au 17th International Symposium on Microbial Ecology (ISME-meeting) qui a eu lieu en août à Leipzig (Allemagne) avec un poster intitulé « How do the phytoplankton spring blooms reshape the bacterial community composition in the Arctic Ocean? ».
      Laëtitia soutiendra sa thèse intitulée « Dynamique des communautés bactériennes en réponse...

Traductions :

Highlight Publication

Rhythmicity of coastal marine picoeukaryotes, bacteria and archaea despite irregular environmental perturbations

Stefan Lambert, Margot Tragin, Jean-Claude Lozano, Jean-François Ghiglione, Daniel Vaulot, François-Yves Bouget & Pierre E. Galand
 
The ISME Journal. volume 13, pages388–401 (2019) 
Seasonality...

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Contact

Directeur : Fabien JOUX

Tel : 33 (0)4 68 88 73 42

E-mail : joux @ obs-banyuls.fr

 

 

Directeur adjoint : François-Yves BOUGET

Tel : 33 (0)4 68 88 73 50

E-mail : francois-yves.bouget @ obs-banyuls.fr

 

Gestion - Secrétariat : Frédérique SANZ

Tel : 33 (0)4 68 88 73 01

E-mail : frederique.sanz @ obs-banyuls.fr

 

Assistant de prévention : Philippe CATALA

Tel : 33 (0)4 68 88 73 53

E-mail : catala@obs-banyuls.fr

 

Formation permanente : Jocelyne CAPARROS

Tel : 33 (0)4 68 88 73 85

E-mail : jocelyne.caparros @ obs-banyuls.fr

Le LOMIC en chiffres


8 Chercheurs CNRS
3 Enseignant-chercheurs

2 Chercheurs accueillis

9 Tech/Ingénieurs
6 Post doctorants
9 Etudiants en thèse

4 Etudiants Master2

2 Etudiants Ingénieur