Le Laboratoire d'Océanographie MICrobienne (LOMIC) a été crée le 01 Janvier 2010. Cette Unité Mixte de Recherche Sorbonne Université-CNRS (UMR 7621) est rattachée à l'Institut National des Sciences de l'Univers (INSU) du CNRS, mais est aussi thématiquement en interaction forte avec l'Institut d'Ecologie et de l'Environnement (INEE) et l'Institut des Sciences Biologiques (INSB) du CNRS.
Le LOMIC rassemble des compétences dans les domaines de la biogéochimie marine, de l'écologie microbienne, de la biodiversité, de la physiologie et de l'écotoxicologie des microorganismes marins et des biotechnologies. Cette pluridisciplinarité permet d'aborder de manière originale des questions aux frontières de la science.
L’objectif général du LOMIC est d’étudier les interactions réciproques entre un milieu changeant et varié, l’océan, et les micro-organismes qui l’habitent de manière intégrative du gène à l'écosystème. Notre travail concerne tout à la fois des questions de recherche fondamentale (ex. réponses des microorganismes aux changements globaux de l'environnement) et de recherche appliquée avec des partenariats industriels (ex. bioremédiation, valorisation des microalgues).
Evaluation par le Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (Hcéres)
Le LOMIC a été évalué par Hcéres durant la campagne de la vague D (2017-2018). Vous trouverez ci-dessous les liens des différents documents constituant cette évaluation :
- Bilan scientifique (2014-2017), projet scientifique (2019-2023) et sélection de produits et d'activités de recherche du LOMIC. Lien
- Rapport du comité HCERES suite à la visite du 11-12 décembre 2017. Lien
ACTUALITÉS
28.10.2019
Poste Ingénieur d'Etude CNRS "Microbiologie et génomique microbienne" - Mobilité interne FSEP
Le LOMIC recrute sur mobilité interne CNRS un ingénieur d'étude en Microbiologie et génomique microbienne.
L’ingénieur(e) aura pour mission l’étude de la diversité phylogénétique et fonctionnelle demicroorganismes marins avec l’utilisation d’approches de génomique et de métagénomique. Il (elle) participera également à la réalisation d'expériences à différentes échelles sur des communautés ou des populations...
28.06.2019
Nouvelle UE de Licence3 - Réponses des microorganismes aux changements globaux
Une nouvelle UE de Licence3 sera proposée à Sorbonne Université en avril 2020. Cette UE intitulée "Réponses des microorganismes aux changements globaux : conséquences écologique, sanitaires et sociétales (CHANGE)" présente différentes illustrations de la réponse des microorganismes aux changements globaux qui affectent la planète et les conséquences sur la santé des hommes, des animaux et de l’environnement...
26.06.2019
Tara trace les plastiques des fleuves
Le 23 mai, la goélette de la Fondation Tara Océan a quitté Lorient pour une expédition de six mois sur les fleuves européens. À son bord, une quarantaine de scientifiques chargés d’évaluer la concentration de déchets plastiques charriés par les fleuves et leur impact sur les organismes marins.
Jean-François Gighiglione est le responsable de cette mission scientifique.
Journal du CNRS
https://lejournal...
12.06.2019
Les sources hydrothermales profondes stimulent des efflorescences phytoplanctoniques dans l’océan Austral
Une équipe internationale incluant le LOMIC (Stéphane BLAIN, Mathieu REMBAUVILLE) révèle pour la première fois la présence d’efflorescences phytoplanctoniques directement stimulées par les apports en fer dissous de sources hydrothermales profondes dans l’océan Austral. Cette découverte a été obtenue en combinant des observations de flotteurs profileurs avec des données historiques d’éléments traces...
09.05.2019
Ina Deutschmann conference
Ina Deutschmann, postdoc researcher at the Institut de Ciències del Mar, Barcelona, will give a seminar on Tuesday 21th May at 11:00, entitled: "Disentangling environmental effects in microbial association networks".
http://www.singek.eu/ina-deutschmann/
06.05.2019
5ème Inter-lab meeting Barcelone-Banyuls
Les 2 et 3 Mai, une cinquantaine de chercheurs se sont réunis sur la Costa Brava pour le 5ème Inter-lab meeting. Cette rencontre, organisée par Josep Gasol (lnstitut des Sciences de la Mer, Barcelone) et Ingrid Obernosterer (LOMIC) était l’occasion d'un échange scientifique sur des recherches menées de chaque côté des Pyrénées sur le thème "Ecologie microbienne et Biogéochimie".
Programme scientifique...
19.04.2019
Sensing the Rainbow - conference Betty Sands
Betty Sands will give a talk on Friday the 19th April at 11:15 am at the amphitheatre.
She will describe her findings on the responses of the green algae Ostreococcus to red, green and blue light wavelengths and discuss her plans for further analysis. Techniques include differential gene expression from RNASeq data and comparison with measurements of photosynthetic parameters using the Phyto-PAM.
Betty...
18.04.2019
Thesis defense - Stefan Lambert
On Thursday the 18th of April at 14h, Stefan Lambert will be defending his PhD on the Seasonality and dynamics of microbial consortia in the Bay of Banyuls.This will take place in the amphitheater A. Guille.
Résumé:Dans les océans tempérés, les transitions printanières annuelles sont accompagnées de blooms phytoplanctoniques. Le phytoplancton joue un rôle essentiel dans les cyclesbiogéochimiques et...
06.03.2019
Conference Roberta Hansman
Dr. Roberta Hansman from the International Atomic Energy Agency (Monaco) will present a conference Friday 8th March at 11:00 entitled:
"Effects of Increased Temperature on Microbial Carbon Cycling in the Deep Ocean."
https://www.researchgate.net/profile/Roberta_Hansman/research
27.02.2019
Conférence Paul Steiner
Paul Steiner, PhD student at the Dept. of Limnology & Bio-Oceanography, University of Vienna, will present a conference Friday 1st March at 11:00 entitled:
"Bacterial community dynamics and DMSP concentrations in marine snow and the ambient water of the Adriatic Sea”
https://www.microbial-oceanography.eu/
https://www.youtube.com/watch?v=_8U9mPNKv3w
27.02.2019
Offres de thèses 2019 - Ecole doctorale Sciences de l'Environnement
Le LOMIC propose deux sujets de thèse au concours de l'Ecole Doctorale Sciences de l'Environnement (ED129) en 2019 :
Sujet 1 : Rôle des interactions bactéries/microalgues dans la régulation du bloom picophytoplanctonique hivernal en baie de Banyuls (France)
Contact : François-Yves Bouget (fy.bouget@obs-banyuls.fr)
Détail du sujet 1
Sujet 2 : Rôle de la pompe microbienne dans le cycle du carbone en Mer...
27.02.2019
Post doctoral research fellow in marine molecular ecology
A postdoc position (2 years) is available at the Laboratory of Microbial Oceanography, Observatoire Océanologique of Banyuls sur mer (France).
Field of work
We study the mechanisms which regulates the seasonality of phytoplanktonic blooms in temperate areas of the ocean using a gene to ecosystem approach combining (1) long term monitoring of microbial diversity in the Banyuls Bay using metabarcoding...
01.02.2019
Conférence Loïs Maignien
Loïs Maignien, maitre de conférence au Laboratoire des environnements extrêmes (UMR 6197) à l'Institut Universitaire Européen de la Mer (Université de Bretagne Occidentale), présentera le vendredi 8 février une conférence intitulée :
"The ACE-ecogenomics project, toward a genomic atlas of the Southern Ocean plankton"
http://pagesperso.univ-brest.fr/~maignien/contact.html
09.12.2018
Conférence Pierre Barré
Pierre Barré chercheur CNRS au Laboratoire de Géologie de l’ENS à Paris, donneral le vendredi à 11 h une conférence dans l’amphithéâtre.
Caractériser et quantifier le carbone organique persistant dans les sols
Pierre Barré (Laboratoire de Géologie de l’ENS, UMR 8538)
Du fait de son importance pour la qualité des sols et les régulations climatiques, la matière organique du sol (MOS) a fait l’objet de...
18.10.2018
Tom Delmont conference and introduction to the anvi'o interface
Tom Delmont, postdoc researcher at the Genoscope on the TARA Oceans project, will visit the LOMIC on Thursday 18th October.
http://merenlab.org/tutorials/infant-gut/
Tom will also give a research seminar at 14:00 entilted:
"From metagenomes to genomes and back: high resolution surveys of marine microbial populations"
https://www.researchgate.net/profile/Tom_Delmont
01.10.2018
Lucas Tisserand démarre une thèse au LOMIC
Lucas Tisserand a débuté en octobre une thèse avec un contrat doctoral de Sorbonne Université (ED129), sous la direction de Fabien Joux, sur l’étude la biodégradation de la matière organique d’origine terrigène dans les milieux aquatiques marins et d’eau douce et l’identification des acteurs microbiens. Il s’agit d’un travail qui sera réalisé en partie sur différentes plateformes expérimentales (CEREEP...
Highlight Publication
Rhythmicity of coastal marine picoeukaryotes, bacteria and archaea despite irregular environmental perturbations
Stefan Lambert, Margot Tragin, Jean-Claude Lozano, Jean-François Ghiglione, Daniel Vaulot, François-Yves Bouget & Pierre E. Galand
The ISME Journal. volume 13, pages388–401 (2019)
Seasonality...
Contact
Directeur : Fabien JOUX
Tel : 33 (0)4 68 88 73 42
E-mail : joux @ obs-banyuls.fr
Directeur adjoint : François-Yves BOUGET
Tel : 33 (0)4 68 88 73 50
E-mail : francois-yves.bouget @ obs-banyuls.fr
Gestion - Secrétariat : Frédérique SANZ
Tel : 33 (0)4 68 88 73 01
E-mail : frederique.sanz @ obs-banyuls.fr
Assistant de prévention : Philippe CATALA
Tel : 33 (0)4 68 88 73 53
E-mail : catala@obs-banyuls.fr
Formation permanente : Barbara MARIE
Tel : 33 (0)4 30 19 24 28
E-mail : barbara.marie @ obs-banyuls.fr
Le LOMIC en chiffres
8 Chercheurs CNRS
3 Enseignant-chercheurs
2 Chercheurs accueillis
9 Tech/Ingénieurs
6 Post doctorants
9 Etudiants en thèse
4 Etudiants Master2
2 Etudiants Ingénieur