Le Laboratoire d'Océanographie MICrobienne (LOMIC) a été crée le 01 Janvier 2010. Cette Unité Mixte de Recherche Sorbonne Université-CNRS (UMR 7621) est rattachée à l'Institut National des Sciences de l'Univers (INSU) du CNRS, mais est aussi thématiquement en interaction forte avec l'Institut d'Ecologie et de l'Environnement (INEE) et l'Institut des Sciences Biologiques (INSB) du CNRS.

Le LOMIC rassemble des compétences dans les domaines de la biogéochimie marine, de l'écologie microbienne, de la biodiversité, de la physiologie et de l'écotoxicologie des microorganismes marins et des biotechnologies. Cette pluridisciplinarité permet d'aborder de manière originale des questions aux frontières de la science.

L’objectif général du LOMIC est d’étudier les interactions réciproques entre un milieu changeant et varié, l’océan, et les micro-organismes qui l’habitent de manière intégrative du gène à l'écosystème. Notre travail concerne tout à la fois des questions de recherche fondamentale (ex. réponses des microorganismes aux changements globaux de l'environnement) et de recherche appliquée avec des partenariats industriels (ex. bioremédiation, valorisation des microalgues).

Evaluation par le Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (Hcéres)

Le LOMIC a été évalué par Hcéres durant la campagne de la vague D (2017-2018). Vous trouverez ci-dessous les liens des différents documents constituant cette évaluation :

- Bilan scientifique (2014-2017), projet scientifique (2019-2023) et sélection de produits et d'activités de recherche du LOMIC. Lien

- Rapport du comité HCERES suite à la visite du 11-12 décembre 2017. Lien

15/09/18

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ACTUALITÉS

- 12.06.2019
  Les sources hydrothermales profondes stimulent des efflorescences phytoplanctoniques dans l’océan Austral
  Une équipe internationale incluant le LOMIC (Stéphane BLAIN, Mathieu REMBAUVILLE) révèle pour la première fois la présence d’efflorescences phytoplanctoniques directement stimulées par les apports en fer dissous de sources hydrothermales profondes dans l’océan Austral. Cette découverte a été obtenue en combinant des observations de flotteurs profileurs avec des données historiques d’éléments traces...
- 09.05.2019
  Ina Deutschmann conference
  Ina Deutschmann, postdoc researcher at the Institut de Ciències del Mar, Barcelona, will give a seminar on Tuesday 21th May at 11:00, entitled: "Disentangling environmental effects in microbial association networks".
  http://www.singek.eu/ina-deutschmann/
- 06.05.2019
  5ème Inter-lab meeting Barcelone-Banyuls
  Les 2 et 3 Mai, une cinquantaine de chercheurs se sont réunis sur la Costa Brava pour le 5ème Inter-lab meeting. Cette rencontre, organisée par Josep Gasol (lnstitut des Sciences de la Mer, Barcelone) et Ingrid Obernosterer (LOMIC) était l’occasion d'un échange scientifique sur des recherches menées de chaque côté des Pyrénées sur le thème "Ecologie microbienne et Biogéochimie".
  Programme scientifique...
- 19.04.2019
  Sensing the Rainbow - conference Betty Sands
  Betty Sands will give a talk on Friday the 19th April at 11:15 am at the amphitheatre.
  She will describe her findings on the responses of the green algae Ostreococcus to red, green and blue light wavelengths and discuss her plans for further analysis. Techniques include differential gene expression from RNASeq data and comparison with measurements of photosynthetic parameters using the Phyto-PAM.
  Betty...
- 18.04.2019
  Thesis defense - Stefan Lambert
  On Thursday the 18th of April at 14h, Stefan Lambert will be defending his PhD on the Seasonality and dynamics of microbial consortia in the Bay of Banyuls.This will take place in the amphitheater A. Guille.
  Résumé:Dans les océans tempérés, les transitions printanières annuelles sont accompagnées de blooms phytoplanctoniques. Le phytoplancton joue un rôle essentiel dans les cyclesbiogéochimiques et...
- 06.03.2019
  Conference Roberta Hansman
  Dr. Roberta Hansman from the International Atomic Energy Agency (Monaco) will present a conference Friday 8th March at 11:00 entitled:
  "Effects of Increased Temperature on Microbial Carbon Cycling in the Deep Ocean."
  
  https://www.researchgate.net/profile/Roberta_Hansman/research
- 27.02.2019
  Conférence Paul Steiner
  Paul Steiner, PhD student at the Dept. of Limnology & Bio-Oceanography, University of Vienna, will present a conference Friday 1st March at 11:00 entitled:
  "Bacterial community dynamics and DMSP concentrations in marine snow and the ambient water of the Adriatic Sea”
  https://www.microbial-oceanography.eu/
  https://www.youtube.com/watch?v=_8U9mPNKv3w
- 27.02.2019
  Offres de thèses 2019 - Ecole doctorale Sciences de l'Environnement
  Le LOMIC propose deux sujets de thèse au concours de l'Ecole Doctorale Sciences de l'Environnement (ED129) en 2019 :
  
  Sujet 1 : Rôle des interactions bactéries/microalgues dans la régulation du bloom picophytoplanctonique hivernal en baie de Banyuls (France)
  Contact : François-Yves Bouget (fy.bouget@obs-banyuls.fr)
  Détail du sujet 1
  
  Sujet 2 : Rôle de la pompe microbienne dans le cycle du carbone en Mer...
- 27.02.2019
  Post doctoral research fellow in marine molecular ecology
  A postdoc position (2 years) is available at the Laboratory of Microbial Oceanography, Observatoire Océanologique of Banyuls sur mer (France).
  Field of work
  We study the mechanisms which regulates the seasonality of phytoplanktonic blooms in temperate areas of the ocean using a gene to ecosystem approach combining (1) long term monitoring of microbial diversity in the Banyuls Bay using metabarcoding...
- 01.02.2019
  Conférence Loïs Maignien
  Loïs Maignien, maitre de conférence au Laboratoire des environnements extrêmes (UMR 6197) à l'Institut Universitaire Européen de la Mer (Université de Bretagne Occidentale), présentera le vendredi 8 février une conférence intitulée :
  "The ACE-ecogenomics project, toward a genomic atlas of the Southern Ocean plankton"
  
  http://pagesperso.univ-brest.fr/~maignien/contact.html
- 09.12.2018
  Conférence Pierre Barré
  Pierre Barré chercheur CNRS au Laboratoire de Géologie de l’ENS à Paris, donneral le vendredi à 11 h une conférence dans l’amphithéâtre.
  Caractériser et quantifier le carbone organique persistant dans les sols
  Pierre Barré (Laboratoire de Géologie de l’ENS, UMR 8538)
  Du fait de son importance pour la qualité des sols et les régulations climatiques, la matière organique du sol (MOS) a fait l’objet de...
- 18.10.2018
  Tom Delmont conference and introduction to the anvi'o interface
  Tom Delmont, postdoc researcher at the Genoscope on the TARA Oceans project, will visit the LOMIC on Thursday 18th October.
  http://merenlab.org/tutorials/infant-gut/
  Tom will also give a research seminar at 14:00 entilted:
  "From metagenomes to genomes and back: high resolution surveys of marine microbial populations"
  https://www.researchgate.net/profile/Tom_Delmont
- 01.10.2018
  Lucas Tisserand démarre une thèse au LOMIC
  Lucas Tisserand a débuté en octobre une thèse avec un contrat doctoral de Sorbonne Université (ED129), sous la direction de Fabien Joux, sur l’étude la biodégradation de la matière organique d’origine terrigène dans les milieux aquatiques marins et d’eau douce et l’identification des acteurs microbiens. Il s’agit d’un travail qui sera réalisé en partie sur différentes plateformes expérimentales (CEREEP...
- 03.12.2018
  Arrivée de Léo Chasselin, assistant ingénieur projet ANR CINNAMON
  Léo Chasselin a intégrer le LOMIC le 3 septembre 2018 en tant qu'assistant ingénieur sur une contrat d'un an pour travailler dans le cadre du projet ANR CINNAMON.
- 03.09.2018
  Accueil au LOMIC de Valérie Barbe, chercheuse au Genoscope d’Evry
  Dans le cadre d’un accord de collaboration entre le CEA/Genoscope et le LOMIC, Valérie Barbe sera présente deux ans à Banyuls. Valérie est une microbiologiste spécialisée dans l’analyse de génomes bactériens et de données métagénomiques. Elle est impliquée dans la mission TARA-Pacific et travaillera notamment en collaboration avec Jean-François Ghiglione sur l’étude de la biodégradation des plastiques...
- 03.09.2018
  Prix du meilleur poster étudiant au 17th ISME-meeting et soutenance de thèse en octobre pour Laëtitia Dadaglio
  Laëtitia a reçu l’un des prix décernés aux meilleurs posters étudiants au 17th International Symposium on Microbial Ecology (ISME-meeting) qui a eu lieu en août à Leipzig (Allemagne) avec un poster intitulé « How do the phytoplankton spring blooms reshape the bacterial community composition in the Arctic Ocean? ».
  Laëtitia soutiendra sa thèse intitulée « Dynamique des communautés bactériennes en réponse...

Traductions :

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Highlight Publication

Rhythmicity of coastal marine picoeukaryotes, bacteria and archaea despite irregular environmental perturbations

Stefan Lambert, Margot Tragin, Jean-Claude Lozano, Jean-François Ghiglione, Daniel Vaulot, François-Yves Bouget & Pierre E. Galand

The ISME Journal. volume 13, pages388–401 (2019)
Seasonality...

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