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Laboratoire d'Océanographie Microbienne
UMR 7621

Jean-François GHIGLIONE

Ghiglione Jean-François

Directeur de recherche CNRS

Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC) UMR7621

Quai Racovizta - 66650 Banyuls sur mer

Tél: (33) 4 68 88 73 16

E-mail: ghiglione@obs-banyuls.fr

 

-Responsable du thème  "Ecotoxicologie et ingénierie microbienne marine"

-Responsable du réseau thématique pluridisciplinaire d'Ecotoxicologie microbienne

Thématiques de recherche:

  • Ecologie microbienne marine: rôle des microorganismes dans le fonctionnement du cycle biogéochimique du carbone dans les Océans, en relation avec des problématiques de changement climatique.
  • Ecotoxicologie microbienne marine: réponse des microorganismes aux pollutions d'origines anthropiques (pétroles, plastiques, métaux lourds, pesticides) et mise en place de stratégies de surveillance et de dépollution de sites contaminés par bioremédiation.

Auteur ou co-auteur plus de 50 publications de rang A et 6 chapitres de livres (voir liste ci-dessous), présentations à plus de 50 congrès internationaux (organisateur de 3 congrès).

 

Responsabilités administratives:

  • Membre élu au conseil scientifique du CNRS-INSU depuis 2014.
  • Membre de la Commission Nationale Flotte Côtière (CNFC) depuis 2014.
  • Membre élu au conseil d’administration de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne (AFEM) depuis 2012.
  • Membre élu au conseil d'administration et au conseil scientifique de l'Observatoire Océanologique de Banyuls (Univ. Paris 6) de 2005 à 2008 et de 2014 à 2018.

Responsable scientifique d’un Réseau Thématique Interdisciplinaire «RTP Ecotoxicologie microbienne»

 

Direction d'équipes:
2014-2018: "Ecotoxicologie et ingénierie microbienne marine" - UMR 7621
2014-2018: "Ecological and biogeochemical shifts along oceanographic gradients" - Laboratoire International Associé France-Chili (LIA-MORFUN)
2015-2018:  Thème fédérateur "Toxicologie et écotoxicologie marine méditerranéenne" 2004-2009: "Qualité écologique du milieu littoral" - UMR 7621

 

Programmes de recherches:

- Coordinateur de 7 programmes nationaux (dont 2 ANR) et de 3 internationaux (dont 1 programme européen)

- Signature de 4 contrats de recherches public/privé et d’une convention de recherche

- Participation à plus de 35 programmes scientifiques dont 26 nationaux (dont 6 projets ANR) et à 9 internationaux (dont 4 projets Européens) avec plus de 300 jours de mission en mer (13 campagnes océanographiques).

- Programmes en cours :

  • ANR-OXOMAR: Dégradation biotique et abiotique et toxicité des plastiques oxo-biodégradables en milieu marin; 2017-2020. Financé par ANR (coordinateur JF Ghiglione) suite du projet PLASTIC-MICRO: Caractérisation des communautés microbiennes associées à la colonisation et à la dégradation des plastiques en Mer; 2014-2015. Financé par INSU EC2CO (coordinateur JF Ghiglione)
  • TARA-PACIFIC: Biodiversité des récifs coralliens et leur évolution face au changement climatique et aux pressions anthropiques (coordinateur S. Planes et D. Allemand) Financé par la fondation TARA et en partenariat avec le Génoscope.
  • ANR-CARIOCA: Coral reef acclimatization to ocean acidification at CO2 seeps (coordinateur R Rodolfo Metalpa - IRD Nouméa) [2016-2020]
  • ALGECO: Les algues corallines, un nouveau modèle pour l’étude du fonctionnement des récifs coralliens (coordinateur M Nugues, Univ Perpignan) Financé par le CNRS - PEPS Exomod [2016]
  • ECOL-EAU: Combinaison de bio-essais pour l'évaluation des risques écologiques en milileu littoral; 2016. Financé par le CNRS - PEPS-FaiDoRA (coordinateur JF Ghiglione) - suite du projet VERMEILLECOTOX - Qualité Ecotoxicologique du littoral de la côte Vermeille  ; 2012-2015. Financé par l’Agence des Aires Marines Protégées et le Fond Européen pour la Pêche (coordinateur JF Ghiglione)
  • IMPRECI-M²: IMPacts RECIproques entre Microorganismes et Métaux traces en milieu marin côtier : qui contrôle qui ?
    (coordinateur B Misson - Univ Toulon) Financé par le CNRS - EC2CO [2016-2017]
  • ANR-SGD: Décharges d'eaux sous-terraines: une source cachée de composés chimiques à l'interface terre-mer; 2016-2019. Financé par ANR (coordinateur P van Beek)

Encadrement d’étudiants, habilitation à diriger les recherches, culture scientifique:

- Directeur de 4 thèses, 6 post-doctorants, 15 stagiaires de niveau Master 1 et 2, BTS, ou Ecole d’ingénieur.

- Habilitation à diriger les recherches (soutenue le 5 Juin 2012) Université Paris 6 - Voir le mémoire d’habilitation (pdf)

- Thèse en ligne de Caroline Sauret : Ecologie des communautés bactériennes marines soumises à une pollution pétrolière: influence des facteurs environnementaux, de la prédation et de la récurrence des pollutions (soutenue le 15 Décembre 2011)

- Thèse en ligne de Tatiana Severin : Régulation des cycles biogéochimiques par les communautés microbiennes pélagiques sous influence de perturbations physiques à méso-échelle (soutenue 23 septembre 2014)

- Culture scientifique : Participation à 16 communiqués de presse, 6 émissions télévisées et 2 émissions de radio. Animation de 3 conférences grand public (voir liste exhaustive ci-dessous).

 

Cours en ligne

 

Publications scientifiques:

Editeur en chef d’une issue spéciale « Ecotoxicologie microbienne » dans la revue Environmental Science and Pollution Research (IF 2.63) en 2014-2015.

 

Chapitre de livres

 

Publications de rang A durant les 5 dernières années

Liste exhaustive des publications sur ResearcherID

2016

  • Ghiglione JF, Martin-Laurent F, Pesce S (2016) Microbial ecotoxicology: an emerging discipline facing contemporary environmental threats. Environmental Science and Pollution Research (IF 2.83) 23: 3981-3983
  • Sauret C, Tedetti M, Guigue C, Dumas C, Lami R, Pujo-Pay M, Conan P, Goutx M, Ghiglione JF (2016) Influence of PAHs among other coastal environmental variables on total and PAH-degrading bacterial communities. Environmental Science and Pollution Research (IF 2.83) 23: 4242-4256
  • Severin T, Sauret C, Boutrif M, Duhaut T, Kessouri F, Oriol L, Caparros J, Pujo-Pay M, Durrieu de Madron X, Garel M, Tamburini C, Conan P, and Ghiglione JF. Impact of an intense water column mixing (0-1500m) on prokaryotic diversity and activities during an open-ocean convection event in the NW Mediterranean Sea. Environmental Microbiology (IF 4.91), accepted
  • Blanchet M, Pringault O, Panagiotopoulos C, Lefèvre D, Charrière B, Ghiglione JF, Fernandez C, Aparicio F, Marrase C, Catala C, Oriol L, Caparros J, Joux F (2016) When riverine dissolved organic matter (DOM) meets labile DOM in coastal waters: changes in bacterial community activity and composition Aquatic Science (IF 2.71), DOI 10.1007/s00027-016-0477-0
  • Misson B, Garnier C, Lauga B, Huy Dang D, Ghiglione JF, Mullot JU, Duran R and Pringault O (2016) Chemical multi-contamination drives benthic prokaryotic diversity in the anthropized Toulon Bay. Science of the total environment (IF 4.09), 556:319-329
  • Grenz C, Fichez R, Origel-Moreno M, Douillet P, Álvarez Silva C, Calva Benítez LG, Conan P, Denis L, Diaz Ruiz S, Gallegos Martine ME, Ghiglione JF, Gutiérrez Mendieta FJ, Marquez Garcia AZ, Pujo-Pay M and Torres Alvarado R. A review of current knowledge of Terminos Lagoon (Mexico): a major site for subtropical marine ecosystems ecology studies. Front. Mar. Sci. - Marine Ecosystem Ecology, under review.

2015

  • Sauret C, Böttjer D, Talarmin A, Guigue C, Conan P, Pujo-Pay M, Ghiglione JF (2015) Top-down control of diesel-degrading bacterial communities. Microbial Ecology (IF 3.12), 70:445-458
  • Céa B, Lefèvre D, Chirurgien L, Raimbault P, Garcia N, Charrière B, Grégori G, Ghiglione JF, Barani A, Lafont M, Van Wambeke (2015). An annual survey of bacterial production, respiration and ectoenzyme activity in coastal NW Mediterranean waters: temperature and resource controls. Environmental Science and Pollution Research (IF 2.83)  22:13654-13668.
  • Faure D, Bonin P, Duran R et al. (2015) Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues. Environmental Science and Pollution Research (IF 2.83) DOI: 10.1007/s11356-015-5164-5

2014

  • Ghiglione JF, Martin-Laurent F , Stachowski-Haberkorn S, Pesce S and Vuilleumier S (2014) The coming of age of Microbial Ecotoxicology: report on the first two meetings in France. Environmental Science and Pollution Research (IF 2.63) 21:14241-14245
  • Sauret C, Severin T, Vétion G, Guigue C, Goutx M, Pujo-Pay M, Conan P, K Fagervold S, Ghiglione JF (2014) ‘Rare biosphere’ bacteria as key phenanthrene degraders in coastal seawaters. Environmental Pollution (IF 3.73) 194:246-253.
  • Besaury L, Ghiglione JF, Quillet L (2014) Abundance, activity and diversity of archaeal and bacterial communities in both uncontaminated and highly copper-contaminated marine sediments. Marine Biotechnology (IF 2.74), 16 : 230-242
  • Severin T, Conan P, Durrieu de Madron X, Houpert L, Oliver MJ, Oriol L, Caparros J, Ghiglione JF and Pujo-Pay M (2014) Impact of open-ocean convection on nutrient and phytoplankton biomass and activity. Deep Sea research Part I (IF 2.92) 94: 62-71.
  • Céa B, Lefèvre D, Chirurgien L, Raimbault P, Garcia N, Charrière B, Grégori G, Ghiglione JF, Barani A, Lafont M, Van Wambeke (2014). An annual survey of bacterial production, respiration and ectoenzyme activity in coastal NW Mediterranean waters: temperature and resource controls. Environmental Science and Pollution Research (IF 2.63). DOI 10.1007/s11356-014-3500-9

2013

  • Ortega-Retuerta E, Joux F, Jeffrey WH, and Ghiglione JF (2013). Spatial variability of particle-attached and free-living bacterial diversity in surface waters from the Mackenzie River to the Beaufort Sea (Canadian Arctic). Biogeosciences (IF 3.86) 10: 2747-2759.
  • Rodriguez-Blanco A, Duval A, Pelletier E, Delille D, Ghiglione JF (2013). Effects of temperature and fertilization on the structure of total vs. active bacterial communities from sub-Antarctic seawater exposed to crude oil and diesel fuel. Polar Research (IF 1.44) 32:18521-18531.
  • Paisse S, Ghiglione JF, Marty F, Abbas B, Gueuné H, Amaya JMS, Muyzer G and Quillet L (2013). Sulfate-reducing bacteria inhabiting natural corrosion deposits from marine steel structures. Applied Microbiology and Biotechnology (IF 3.62) 97:7493-504.
  • Sauret C, Ghiglione JF (2013) Monitoring of oil-degrading bacteria by stable isotope probing. In Multi-author publication project on a Comprehensive Handbook (or Practical Guide) of ecotoxicological terms (Férard, J.F. and Blaise, C., editors). Springer Publishers, Inc. pp 751-766.

2012

  • Ghiglione JF, Galand PE, Pommier T, Pedrós-Alió C, Maas EW, Bakker K, Bertilson S, Kirchman DL, Lovejoy C, Yager PL, Murray AE (2012). Pole to pole biogeography of surface and deep marine bacterial communities. Proceedings of the National Academy of Sciences USA - PNAS (IF 9.68) 109:17633-17638.
  • Ghiglione JF & Murray A (2012) Pronounced summer to winter differences and higher wintertime richness in coastal sub-Antarctic and Antarctic marine bacterioplankton Environmental Microbiology (IF 4.91), 14:617-629.
  • Ortega-Retuerta E, Jeffrey WH, Ghiglione JF, Joux F (2012) Evidence of heterotrophic prokaryotic activity limitation by nitrogen in the Western Arctic Ocean during summer. Polar Biology (IF 1.66) 35: 785-794.
  • Ortega-Retuerta E, Joux F, Jeffrey WH, and Ghiglione JF (2012). Spatial variability of particle-attached and free-living bacterial diversity in surface waters from the Mackenzie River to the Beaufort Sea (Canadian Arctic). Biogeosciences Discuss. (IF 3.86) 9: 17401-17435.
  • Domaizon I, Lepère C, Debroas D, Ghiglione JF, Jacquet S, Bouvy M, Bettarel Y, Bouvier C, Torréton JP, Vidussi F, Mostajir B, Kirkham A, LeFloch E, Fouilland E, Montanié H and Bouvier T (2012) Short-term responses of unicellular planktonic eukaryotes to increases in temperature and UVB radiation. BMC Microbiology (IF 3.04) 12:202.
  • Marty F, Ghiglione JF, Paisse S, Gueuné H, Quillet L, van Loosdrechta MCM and Muyzer G (2012) Evaluation and optimization of nucleic acid extraction methods for the molecular analysis of bacterial communities associated with corroded carbon steel. Biofouling (IF 3.33) 28:363-380.
  • Grimaud R, Ghiglione JF, Cagnon C, Lauga B, Vaysse PJ, Rodriguez-Blanco A, Mangenot S, Cruveiller S, Barbe V, Duran R, Wu LF, Talla E, Bonin P, and Michotey V (2012) Genome sequence of the marine bacterium Marinobacter hydrocarbonoclasticus SP17 which forms biofilms on hydrophobic organic compounds Journal of Bacteriology (IF 3.72) 194:3539-40.
  • Sauret C, Christaki U, Moutsaki P, Hatzianestis I, Gogou A, Ghiglione JF (2012) Influence of pollution history on the response of coastal bacterial and nanoeukaryote communities to crude oil and biostimulation assays. Marine Environmental Research (IF 2.17) 79: 70-78.
  • Rodriguez-Blanco A, Duval A, Pelletier E, Delille D, Ghiglione JF (2012) Effects of temperature and fertilization on the structure of total vs. active bacterial communities from sub-Antarctic seawater exposed to crude oil and diesel fuel. Polar Research In correction
  • Ciobanu MC, Rabineau M, Droz L, Révillon S, Ghiglione JF, Dennielou B, Jorry SJ, Kallmeyer J, Etoubleau J, Pignet P, Crassous P, Vandenabeele-Trambouze O, Laugier J, Guégan M, Godfroy A, and Alain K (2012) Paleoenvironmental imprint on subseafloor microbial communities in Western Mediterranean Sea Quaternary sediments. Biogeosciences Discuss., 9: 253-310.

 

Communiqués de presse:

  1. 2011 – NSF ‘The Antarctic Sun’
    Microbes: one key component of carbon, nitrogen cycles in the ocean. In : The Antarctic Sun. Raytheon Polar Services publisher.
  2. 2012 – CNRS Actualités ‘A la une’
    DeWEX (Impacts of deep water formation on mediterranean pelagic ecosystems) – MERMEX
  3. 2012 – NSF ‘News’
    Freshwater flows into the arctic and southern oceans appear to determine the composition of microbial populations
  4. 2012 – PHYS&ORG ‘ News’
    Vast differences in Antarctic and Arctic polar ocean microbial communities reported
  5. 2012 – Science daily ‘Science News’
    Vast differences in Antarctic and Arctic polar ocean microbial communities reported
  6. 2012 – Science daily ‘Science News’
    Arctic and Southern Oceans Appear to Determine the Composition of Microbial Populations
  7. 2012 – CNRS ‘En direct des labos’ (édition du 23 Oct)
  8. Une étude internationale révèle que les bactéries océaniques sont très différentes d'un pôle à l'autre
  9. 2012 – France 3 Editions régionales du 19/20 Languedoc Roussillon
    Changement climatique : quel impact sur la Méditerranée ?
  10. 2013 – Revue de vulgarisation ‘Grain de sel’, éditée par l’Agence des Aires Marines protégées
    Préserver et améliorer la qualité des eaux
  11. 2013 – L’indépendant (Journal du Languedoc Roussillon)
    Pollution de nos côtes : services rendus par les organismes vivants
    Suivi d’une conférence grand public à L’observatoire Océanologique de Banyuls le 16/10/2013
  12. 2013 - Revue du Réseau des gestionnaires d’espaces naturels protégés du Languedoc-Roussillon
    L’Etude pluridisciplinaire et spatio-temporelle des apports de contaminants et de la qualité
    Ecotoxicologique sur le littoral de la côte Vermeille (VERMEILLECOTOX)
  13. 2014 – Politis (n°1303, Mai 2014)
    La coupe amère des producteurs de vin bio. Evaluation des risques liés aux apports de contaminants déversés sur la côte Vermeille.
  14. 2014 - TaraExpéditions (édition du 10 Juin) - Prélèvements de microplastiques
  15. 2014 – France 24 (édition du 1er Juillet) - Plastiques: une bouteille à la mer
  16. 2014 – Le Monde (édition du 2 Oct.) - Les bactéries ont des fonctions d’épuration des océans.
  17. 2014 – Libération (édition du 2 Oct.) – carnet de bord de la mission TaraMéditerranée.
  18. 2014 - Conférence publique : Pollution de nos côtes : le nouveau problème des plastiques - 5 novembre 2014 - cinémathèque de Tanger.
  19. 2014 - France KM (journal télévisé du 5 Nov.) - Plastiques en Méditerranée
  20. 2014 - Agence Marocaine de Presse (émission du 5 Novembre)
  21. 2014 - TV Chaîne nationale Portugal - RTP
  22. 2014 - Tanger expérience - Tara, un voilier engagé pour la planète dans le port de Tanger
  23. 2014 - Libération - Escale tangéroise pour la goélette d’exploration Tara
  24. 2014 - La Recherche Nº 494, pages 60-63. À la pêche aux microparticules de plastique. Décembre 2014.
  25. 2014 - France Bleu Roussillon 26 Nov. 2014 Les plastiques en Méditerranée France Bleu matin - bon dia
  26. 2014 - France Inter "La Tête au Carré" sur le thème "Dans quel état sont les Océans?" 11 Déc.
  27. 2015 - TerraEco - Une armada toxique sur les continents de plastique des océans, 6 Janvier 2015.
  28. 2015 - Le Dauphiné Libéré du 06/01/2015 « Les nouveaux habitants du plastique »
  29. 2016 - France Inter "La Tête au Carré" sur le thème "Pollution des abysses" dans l'émission Hasard et Chance du 27 Juin.
  30. 2016 - France 3 "Thalassa" Méditerranée: enquête sur une mer en danger

Jean-François Ghiglione (ghiglione @ obs-banyuls.fr) - 21/10/17

Traductions :

    Le LOMIC en chiffres

    6 Chercheurs CNRS
    4 Enseignant-chercheurs
    8 Personnels techniques
    4 Post doctorants
    8 Etudiants en thèse

    4 Etudiants Master2