General presentation
Marine ecosystems play a major role in the transformation and recycling of numerous elements with impact on their global cycles. One of the most common examples is the impact that oceans exert on the global carbon cycle and thus on the regulation of climate. The "living" is one of the major players in biogeochemical cycles, but its role was initially essentially associated with the quantification of stocks and fluxes of matter. This view was then slowly evolved to better take into account the biological characteristics of organisms and their organization within ecosystems in terms of diversity, functions and interactions. Indeed, marine biogeochemical cycles involve communities of micro- and macro-organisms characterized by a large taxonomic and functional diversity. One key question in biogeochemistry and ecology is to understand how the structure and diversity of biological communities regulate the flows of major and trace elements and in return how the environmental characteristics can shape the biological communities.
The last decade has seen the rapid expansion of novel approaches, including "omics", cell imagery and isotopic techniques for studying the diversity and functionalities of organisms, especially microorganisms. How can the research in biogeochemistry take advantage of these approaches to answer questions related to the functioning in biogeochemical cycles and ecosystems?
At the scale of microbial communities, "omics" approaches now make it possible, for example, to describe in a very detailed way the biodiversity of communities that are associated with different biogeochemical cycles and to determine the regulation of a multitude of genes, some of which play a key role in the production and transformation of matter. It is crucial to combine these data with a more holistic study of ecosystem functioning to advance on issues such as the succession of plankton communities, inter-associations of organisms with an integrated view of interactomes, or the reorganization of microbial communities in response to environmental factors including anthropogenic disturbances. In particular “omics” approaches provide massive amounts of data. In order to obtain a real added value from this information, it is key to develop new concepts that allow to integrate these data progressively with those produced by more classical measurements of stocks and fluxes.
At the population level, systems biology uses a set of highly resolutive, high-throughput descriptive approaches (modifications of the transcriptome, proteome and metabolome) that can be coupled with modeling. From this perspective, the development of genetic resources on model organisms is a very promising way to study the regulation of key genes driven by abiotic or biotic parameters. The classical biogeochemical modeling could gradually incorporate and take from this metabolic modeling.
The LOMIC brings together expertise in the fields of marine biogeochemistry, microbial ecology, biodiversity, physiology, OMICs and genetics of model organism to investigate processes carried out by the ocean microbiome in elemental cycles. Ongoing carbon cycle research emphasizes the identification of important routes of carbon fluxes through bacterial communities, with the long-term goal of improving predictions of the fate of carbon in the context of a changing ocean. The study of the functions and diversity of marine microorganisms can also offer interesting applications in the field of biotechnology, for example the production of high value-added molecules or the possibility of using certain microbial functions to degrade pollutants present in the environment. This line of applied research is an integral part of the studies carried out at LOMIC. The LOMIC is structured in three research themes.
ACTUALITÉS
26.09.2022
Arrivée au LOMIC de Jérôme Bordereau, ingénieur d'étude en instrumentation
Jérôme Bordereau a intégré le CNRS en septembre 2001 au Laboratoire de Météorologie Dynamique situé à Palaiseau (Essonne) en tant qu’Électronicien. L'activité du Laboratoire est principalement axée sur l’Étude du climat et de la Dynamique de la Stratosphère. Intégré à l'équipe « Ballons », Jérôme a développé des instruments météorologiques destinés à être embarqués sous des ballons dérivant dans la...
26.09.2022
Arrivée au LOMIC de Bart Haegeman, chercheur en modélisation écologique
Après une thèse en physique théorique, Bart Haegeman s'est dirigé vers la modélisation mathématique en écologie, d'abord une dizaine d'années au Laboratoire de Biotechnologie Environnementale (LBE) à Narbonne, puis une autre dizaine d'années à la Station d'Ecologie Théorique et Expérimentale (SETE) à Moulis en Ariège. Il développe des approches quantitatives, allant des modèles théoriques plus conceptuels...
05.02.2024
Arrivée au LOMIC de Marine Landa, chercheuse CNRS
Marina Landa a rejoint le LOMIC le 1er février en tant que chargée de recherche au CNRS (section 19, Système Terre : enveloppes superficielles) avec un projet de recherche sur les mécanismes et l’importance écologique de l'activité algicide chez les bactéries marines.
Ce projet de recherche vise à ouvrir la boîte noire de l'écologie bactérienne algicide en utilisant une combinaison d'outils classiques...
24.10.2024
Changement climatique, quels impacts sur la microbiologie des eaux ?
Le projet ANR RESTORE (Microbial responses to terrestrial dissolved organic matter input in freshwater and marine ecosystems in a changing environment) s’est terminé en septembre 2024.
https://lejournal.cnrs.fr/nos-blogs/focus-sciences/changement-climatique-quels-impacts-sur-la-microbiologie-des-eauxIl a également été publié sur LinkedIn et twitter du compte de la délégation Occitanie Est : https://www...
24.10.2024
Démarrage de deux nouvelles thèses en 2024
Deux nouvelles thèses démarrent en octobre 2024 :
- Maxine PRUVOT (à gauche) : doctorante depuis le 1er octobre au sein du LOMIC sur la thématique "modeling the impacts of marine virus-microbe interaction dynamics on the biological carbon pump », sous la direction de Bart Haegeman (LOMIC), David Demory (LBBM) et Fabien Joux (LOMIC). Maxine bénéficie d’un financement doctoral de l’Institut de l’Océan...
24.10.2024
7th Interlab Meeting LOMIC-ICM
Les 14 et 15 octobre s’est tenue la 7ème rencontre Interlab Meeting « Microbes Microbes » à St. Féliu de Guixol entre l’Institut de Ciencas des Mar (CSIC) de Barcelone et le LOMIC. Cette rencontre organisée par Ingrid Obernosterer et Josep Gasol a réuni plus de 40 personnes et a proposé 26 présentations scientifiques des deux laboratoires avec la participation du LECOB et du LBBM.
Program
24.10.2024
Postdoctoral Position in Marine Microbial Ecology
Postdoctoral Position in Marine Microbial Ecology – The role of trace metals for Phytoplankton-Bacteria Interactions
We have an opening for a postdoctoral researcher to investigate the role of trace metals, with a focus on iron (Fe), for phytoplankton-bacteria interactions. We are looking for a microbial ecologist motivated in elucidating the mechanistic understanding of how different forms of Fe regulate...
24.10.2024
Traité mondial du plastique
Le LOMIC a participé le 10 Octobre 2024 à une réunion à l’Elysée pour préparer les prochaines négociations du Traité mondial du plastique avec le ministère de l’écologie et le pôle diplomatique. Nous serons présent avec la Coalition Scientifique internationale pour un traité contraignant à Busan (Corée) en Novembre – voir article publié dans The Conversation ici.
Voir aussi l’émission « La traque des...
25.10.2024
Stage Master2 - Caractérisation des mécanismes algicides chez les bactéries marines du genre Kordia
Proposition de stage de Master 2 : Caractérisation des mécanismes algicides chez les bactéries marines du genre Kordia
Laboratoire d’Océanographie Microbienne, LOMIC, UMR7621, SU, CNRS
Stage soutenu par l'Institut de l'Océan de Sorbonne Université
Contacts : Marine LANDA (LOMIC), Eva TERNON (LOV, Villefranche-sur-mer)
Descriptif du stage
28.10.2024
Poste AI BAP-A Biologie, Sciences de la vie et de la terre - mobilité interne CNRS NOEMI
Ouverture d'un poste AI BAP-A Biologie, Sciences de la vie et de la terre - mobilité interne CNRS NOEMI au LOMIC
Assistant-e ingénieur-e en microbiologie marine
Le Laboratoire d’Océanographie Microbienne (LOMIC ; http://lomic.obs-banyuls.fr) est une unité mixte de recherche (UMR7621) rattachée au CNRS-INSU et à Sorbonne Université et basée à l’Observatoire Océanologique de Banyuls. L’objectif général...
05.11.2024
Poste de Maîtresse ou Maitre de conférences "Ecologie pélagique du milieu marin" susceptible d’être vacant en 2025
Un poste de Maîtresse ou Maitre de conférences susceptible d’être vacant en 2025, est proposé à l'Observatoire Océanologique de Banyuls/Mer.
Profil : Ecologie pélagique du milieu marin
Sections CNU : 67, 68
Le profil officiel sera celui affiché dans Galaxie.
Voir profil de poste
06.12.2024
Accueil de Aude Leynaert, spécialiste du cycle de la silice dans l’océan, au LOMIC
Le LOMIC accueille actuellement Aude Leynaert, Directrice de Recherche au CNRS, rattachée au Laboratoire de l’Environnement Marin (LEMAR) à Brest. Spécialiste du cycle de la silice dans l’océan, Aude aborde cette thématique sous des angles écologique et biogéochimique.
La silice joue un rôle clé dans la croissance de divers organismes, tels que les diatomées (phytoplancton), les rhizarias (micro-zooplancton)...