General presentation
Marine ecosystems play a major role in the transformation and recycling of numerous elements with impact on their global cycles. One of the most common examples is the impact that oceans exert on the global carbon cycle and thus on the regulation of climate. The "living" is one of the major players in biogeochemical cycles, but its role was initially essentially associated with the quantification of stocks and fluxes of matter. This view was then slowly evolved to better take into account the biological characteristics of organisms and their organization within ecosystems in terms of diversity, functions and interactions. Indeed, marine biogeochemical cycles involve communities of micro- and macro-organisms characterized by a large taxonomic and functional diversity. One key question in biogeochemistry and ecology is to understand how the structure and diversity of biological communities regulate the flows of major and trace elements and in return how the environmental characteristics can shape the biological communities.
The last decade has seen the rapid expansion of novel approaches, including "omics", cell imagery and isotopic techniques for studying the diversity and functionalities of organisms, especially microorganisms. How can the research in biogeochemistry take advantage of these approaches to answer questions related to the functioning in biogeochemical cycles and ecosystems?
At the scale of microbial communities, "omics" approaches now make it possible, for example, to describe in a very detailed way the biodiversity of communities that are associated with different biogeochemical cycles and to determine the regulation of a multitude of genes, some of which play a key role in the production and transformation of matter. It is crucial to combine these data with a more holistic study of ecosystem functioning to advance on issues such as the succession of plankton communities, inter-associations of organisms with an integrated view of interactomes, or the reorganization of microbial communities in response to environmental factors including anthropogenic disturbances. In particular “omics” approaches provide massive amounts of data. In order to obtain a real added value from this information, it is key to develop new concepts that allow to integrate these data progressively with those produced by more classical measurements of stocks and fluxes.
At the population level, systems biology uses a set of highly resolutive, high-throughput descriptive approaches (modifications of the transcriptome, proteome and metabolome) that can be coupled with modeling. From this perspective, the development of genetic resources on model organisms is a very promising way to study the regulation of key genes driven by abiotic or biotic parameters. The classical biogeochemical modeling could gradually incorporate and take from this metabolic modeling.
The LOMIC brings together expertise in the fields of marine biogeochemistry, microbial ecology, biodiversity, physiology, OMICs and genetics of model organism to investigate processes carried out by the ocean microbiome in elemental cycles. Ongoing carbon cycle research emphasizes the identification of important routes of carbon fluxes through bacterial communities, with the long-term goal of improving predictions of the fate of carbon in the context of a changing ocean. The study of the functions and diversity of marine microorganisms can also offer interesting applications in the field of biotechnology, for example the production of high value-added molecules or the possibility of using certain microbial functions to degrade pollutants present in the environment. This line of applied research is an integral part of the studies carried out at LOMIC. The LOMIC is structured in three research themes.
ACTUALITÉS
20.12.2013
Journées d'écotoxicologie microbienne, 21-23 mai 2014
Ces journées ont pour objectif principal de réunir les écologistes microbiens qui étudient les conséquences des pollutions sur les communautés microbiennes et les services rendus par les microorganismes dans le domaine de la qualité écologique des milieux naturels. Elles seront un moment d’échange sur les avancées et les approches transversales utilisées en écotoxicologie microbienne dans différents...
17.02.2014
Campagne AMOP au large du Pérou (25 janvier-23 fevrier 2014)
La campagne AMOP a pour objectif de comprendre les processus impliqués dans la désoxygénation des océans et la possible extension des zones de minimum d’oxygène (OMZs), telles que celle qui est localisée au large des côtes du Pérou.
Les Zones de Minimum d’Oxygène (OMZs), en tant que couches suboxiques, sont connues pour jouer un rôle-clé sur l’évolution du climat et des écosystèmes et ressources...
30.06.2014
MICROPHYT et le LOMIC créent un laboratoire de recherche commun
La société MICROPHYT et le Laboratoire d’Océanographie Microbienne créent un laboratoire de recherche commun LABCOM. Ce projet financé pour 3 ans par l'ANR (appel d'offre « Laboratoires Communs – Organismes de recherche / PME-ETI »), est coordonné par François-Yves Bouget (DR CNRS, LOMIC) et Rémi Pradelles (Société Microphyt).
Ce nouveau projet dénommé OTARI (acronyme de Ostreococcus Tauri de la...
07.07.2014
Participation à la mission Tara Méditerranée sur les microplastiques
Jean-François Ghiglione participe à la mission Tara Méditerranée qui a pour objectif d’évaluer l’impact des micro-plastiques sur la santé et le fonctionnement des écosystèmes en mer Méditerranée. Cette campagne de 7 mois permettra d’évaluer l’étendue du problème des plastiques qui s’accumulent de manière alarmante en mer Méditerranée. En collaboration avec d’autres laboratoires français et étrangers...
09.07.2014
Le projet SOCLIM soutenu par la Fondation BNP Paribas
Dans le cadre de son programme Climate Initiative, la Fondation BNP Paribas soutient 5 nouveaux projets de recherche scientifique sur le changement climatique pour un montant de 2,7 millions d’euros sur trois ans.Parmi ces 5 projet, figure le projet SOCLIM (Southern Ocean and Climate), dont les coordinateurs sont Stéphane Blain (LOMIC, Banyuls), Hervé Claustre (LOV, Villefranche)...
08.09.2014
Soutenance de thèse Tatiana Séverin
Tatiana Séverin soutiendra le Mardi 23 septembre à 13h30 dans l'amphithéâtre sa thèse intitulée "Régulation des cycles biogéochimiques par les communautés microbiennes pélagiques sous influence de perturbations physiques à méso-échelle".
Résumé :
Les épisodes de convection en milieu hauturier sont des processus physiques hivernaux récurrents, mais irréguliers, ayant un fort pouvoir perturbateur...
10.09.2014
ANR PHOTO-PHYTO. Effets du réchauffement climatique sur le déclenchement des blooms phytoplanctoniques marins
Le réchauffement des océans est le principal facteur responsable des changements globaux de productivité, biomasse et phénologie (moment des blooms) des communautés phytoplanctoniques.
Dans les océans tempérés, l’abondance et la diversité du phytoplancton augmentent de façon considérable entre l’hiver et le printemps. Ces blooms résultent vraisemblablement d’une combinaison de paramètres physiques...
10.09.2014
Séminaire Eva Sintes
Dr. Eva Sintes (Microbial Oceanography Lab, University of Vienna, Austria), présentera le 17 septembre à 11h une conférence intitulée "Functional biogeography of deep ocean microbes".
Abstract :Microbial biogeography and biodiversity have been studied extensively over the past decades. Most studies focused on the taxonomic characterization based on 16S rRNA gene. However...
15.09.2014
Accueil de Leanne Armand
Le Dr. Leanne Armand du Marine and Coastal Phytoplnakton Laborarory (Macquarie University, North Ride, Australia) est accueillie au LOMIC en tant que Professeur invité de l’UPMC pendant le mois de septembre 2014. Leanne Armand est une des partenaires du projet international KEOPS (direction S. Blain) qui a pour objectif d’étudier la pompe biologique de CO2 dans l’océan austral et sa réponse à la...
22.09.2014
Special Issue Publication Announcement: Microbial Ecotoxicology
A special issue of "Environmental Science and Pollution Research" (IF 2.76) dedicated to « Microbial Ecotoxicology » is open from 1st October 2014 to 31th January 2015.
This special issue welcomes the most recent developments, researches and ideas in microbial ecotoxicology, with no restriction of the ecosystem studied. Potential topics include, but are not limited to:• microbial bioassays, biomarkers...
25.09.2014
Publication in Cell journal: Determination and Inference of Eukaryotic Transcription Factor Sequence Specificity
Détermination et prédiction des sites de reconnaissance des facteurs de transcription eucaryotes
Un consortium international mené par des chercheurs de l’Université de Toronto, auquel est associé le Laboratoire d’Océanographie Microbienne (LOMIC, UMR7621 UPMC-CNRS, Observatoire Océanologique, Banyuls sur Mer) a déterminé et prédit les séquences ADN de fixation d’environ un tiers des facteurs de...
11.11.2014
Publication in Plant Cell: Efficient gene targeting and foreign DNA removal by homologous recombination in the picoeukaryote Ostreococcus
With fewer than 8000 genes and a minimalist cellular organization, the green picoalga Ostreococcus tauri is one of the simplest photosynthetic eukaryotes. Ostreococcus tauri contains many plant-specific genes but exhibits a very low gene redundancy. The haploid genome is extremely dense with few repeated sequences and rare transposons. Thanks to the implementation of genetic transformation and vectors...
11.11.2014
Publication in Nature Geosciences: Carbonate counter pump stimulated by natural iron fertilization in the Polar Frontal Zone
Une nouvelle étude réalisée dans l'océan Austral par une équipe internationale de scientifiques impliquant Ian SALTER du Laboratoire d’Océanographie Microbienne (actuellement en détachement au Alfred Wegener Institute, Germany), révèle que la réponse de l'écosystème marin à un enrichissement naturel en fer est plus complexe et moins efficace à long terme, du point de vue du stockage du dioxyde...
19.12.2014
Soutenance de thèse Hugo Botebol
Hugo Botebol a soutenu sa thèse le jeudi 11 décembre intitulée : "Influence de la lumière et de l'horloge circadienne dans la gestion de la carence en chez le genre Ostreococcus"
Résumé: Le fer est un élément présent en abondance dans la croûte terrestre, indispensable à la quasi totalité des êtres vivants. Cependant, en milieu marin la biodisponibilité du fer est souvent faible et sporadique...
27.01.2015
Soutenance de thèse Marine Blanchet
Marine BLANCHET a soutenu sa thèse en cotutelle UPMC - Université Conception (Chili) et intitulée "Metabolic and composition changes in marine bacterial community exposed to variable natural organic matter bioreactivity" le Vendredi 16 Janvier 2015 devant le jury composé de :
Dr. Emma Rochelle-Newall (rapporteur)
Dr. Cristian Vargas (rapporteur)
Dr. Thierry Bouvier (examinateur)
Dr. Cristian Gallardo...
14.06.2015
Interlab meeting 2015 ICM-LOMIC
La 3ème rencontre Interlab MICROBES: Ecology and Biogeochemistry entre le LOMIC et l'Institut de Ciences del Mar (ICM) a eu lieu les 4 et 5 juin 2015 à Barcelona.
Organisateurs : Ingrid Obernosterer (LOMIC) & Josep Gasol (ICM)
Thursday June 4th
15:00 Continental erosion and the rise of diatoms - Pedro Cermeño (ICM)
15:15 Cocktail of organic matter and priming effect - Fabien Joux (LOMIC)...