Fabien JOUX

Cursus universitaire

• 2010 : Habilitation à diriger des recherches, Spécialité Science de la Vie - Université Pierre et Marie Curie "Effets directs et indirects du rayonnement ultraviolet sur les communautés microbiennes marines"

•  1993-97 : Thèse d’Université, Spécialité Océanologie biologique et environnement marin - Université Pierre et Marie Curie "Dynamique des états physiologiques des populations bactériennes en eau de mer : approche cellulaire en conditions de survie". Mention très honorable avec félicitations du jury. Observatoire Océanologique de Banyuls.

• 1992-93 : DEA d’Océanologie biologique - Université Paris 6
• 1989-91 : Maîtrise ERASMUS d'Océanologie appliquée. Université de Perpignan
• 1989-90 : Licence ERASMUS d'Océanologie appliquée. Université de Barcelone
• 1987-89 : DUT Biologie appliquée, option génie de l'environnement - Université de Tours
• 1987 : Baccalauréat série D 

Activités de responsabilités en recherche

• Directeur du Laboratoire d’Océanographie Microbienne (UMR 7621) depuis le 1er janvier 2014.
• Directeur adjoint du Laboratoire d’Océanographie Microbienne (UMR 7621) de janvier 2010-décembre 2013.
• Responsable de l’équipe "Diversité et fonctionnement de l’écosystème pélagique" au sein de l’UMR 7621 de septembre 2004 à décembre 2007.

Activités de responsabilités administratives

• Membre Conseil d’administration de l’Observatoire Océanologique de Banyuls depuis janvier 2014
• Membre élu du Conseil Scientifique de l’Observatoire Océanologique de Banyuls depuis juillet 2011
• Membre du Conseil d’administration de la Société Française de Photobiologie (avril 2013 - )
• Membre du Conseil d’administration de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne (juin 2008 - 2018)
• Editorial Board Member of Microorganisms (Open Access Journal - first IF in June 2019 estimated at 3~3.5).

Activité d'enseignements

• Co-responsable du Master 2 "Microbiologie, Environnement et Santé" (MES) - Sorbonne Université / MNHN. 18 étudiants / an
• Co-responsable UE Master 2 "Qualité des milieux aquatiques et risques microbiologiques", 6 ECTS (mention BMC, SU).
• Co-responsable UE Master 2 "Physiologie intégrative des microorganismes", 6 ECTS. UE d’ouverture (mentions SDUEE et BMC (SU)
• Co-Responsable UE Master 1 "Diversité et fonctions des microorganismes : du microbiote humain et animal aux écosystèmes naturels", 6 ECTS (mention BMC, SU)
• Responsable UE Licence 3 "Réponses des microorganismes aux changements globaux : conséquences écologiques, sanitaires et sociétales, 6ECTS - à partir de 2020.

Activité de recherche

Thèmes de recherche :

Ma thématique générale de recherche porte sur les interactions entre les communautés bactériennes et l’environnement marin en étudiant le rôle de certains facteurs environnementaux (e.g., matière organique, rayonnement UV, polluants). Mon travail repose sur la combinaison d’approches de séquençage de nouvelle génération (NGS, pyroséquençage puis maintenant Illumina) pour décrire la structure de ces communautés et des approches d’écologie microbienne et de biogéochimie pour décrire les fonctionnalisés de ces communautés. Ces questions sont abordées au moyen d’approches expérimentales originales et de participations à des campagnes océanographiques.

Interactions bactéries - Matière organique : Un des volets de ma recherche concerne l’étude des modifications induites par la qualité et la quantité de la matière organique (MO) sur le métabolisme et la diversité des communautés bactériennes marines. Dans le cadre de la thèse de M. Blanchet, nous avons montré que la résilience de communautés bactériennes de lagunes côtières suite à un apport massif de MO issue d’un bloom de méduses était plus importante du point de vue du métabolisme que de la diversité (Blanchet et al. 2015). Nous avons réalisé une des premières expériences de priming effect (dégradation facilitée de MO récalcitrante en présence de MO labile) en milieu marin, sans vérifier la réalité de ce processus largement décrit dans les sols (Blanchet et al. 2017). Nous avons également réalisée la première étude utilisant les NGS pour décrire quelles étaient les unités opérationnelles taxonomiques (OTUs) bactériennes les plus aptes à utiliser des produits de photodégradation de MO de différentes origines (Blanchet et al. 2018). Ces travaux ont été réalisés dans différents projets que j’ai coordonnés et qui ont été soutenus par les programmes EC2CO, LEFE-CYBER et MERMEX.

Durant ces dernières années, j’ai été également largement impliqué dans l’étude des communautés bactériennes dans l’Océan Arctique et de leur réponse à des apports de MO d’origine fluviatile (projet MALINA dans la mer de Beaufort) ou issue du bloom phytoplanctonique printanier à la marge de la banquise (projet Green Edge dans le mer de Baffin). Nous avons pu mettre en évidence pour la première fois une limitation des bactéries arctiques par l’azote en période post estivale (Ortega-Retuerta et al. 2012), mais aussi décrire finement la diversité et le rôle des bactéries attachées aux particules particulièrement abondantes à proximité des nombreux fleuves qui se déversent dans l’Océan Arctique (Ortega-Retuerta et al. 2012, 2013). Dans le cadre de la thèse de L. Dadaglio, nous avons pu décrire précisément la dynamique temporelle et spatiale des OTUs en réponse au bloom phytoplanctonique et décrire au moyen d’expériences les OTUs responsables de la dégradation de la MO phytoplanctonique (Dadaglio et al. 2018 ; résultats présentés au congrès ISME 2018 et en préparation pour ISME J.). Dans le cadre de ces missions en Arctique, j’ai isolé et identifié plus de 180 souches bactériennes qui sont aujourd’hui référencées dans la « Banyuls Bacterial Culture Collection » (BBCC) de l’Observatoire Océanologique de Banyuls (https://collection.obs-banyuls.fr/index.php). Ces souches représentent un potentiel important de valorisation pour des études académiques (e.g., séquençage de génomes, recherche de gènes spécifiques) et pour des applications biotechnologiques (e.g., production d’enzymes actives à faibles températures).

Plus récemment, j’ai étudié le processus du Microbal Carbon Pump (MCP) avec E. Ortega-Retuera (post doc MCSA au LOMIC) au moyen d’une approche originale utilisant les modèles bactériens que j’avais déjà étudiés dans les travaux en photobiologie (voir ci-dessous). Ces résultats ont été présentés à la Gordon Research Conference 2018 et un article est en préparation dans Frontiers in Microbiology.

Je concentre actuellement mes recherches sur le devenir de la MO terrigène (MOt) dans les milieux aquatiques en étudiant les processus de biodégradation de la MOt, les effets interactifs avec l’augmentation de la température, les modifications de la balance métabolique (brownification effect), le priming effect et la résilience des communautés microbiennes. J’ai réuni un consortium de 7 laboratoires partenaires (LOMIC / iEES Paris / CEREEP - Ecotron Ile de France / ESE - Univ. Paris Sud Paris-Saclay /MARBEC Montpellier / Institute for Baltic Sea Research Warnemünde, Germany / Institute for Chemistry and Biology of the Marine Environment, Oldenburg, Germany) réunissant des spécialistes des écosystèmes des milieux aquatiques d’eau douces et marines et des sols, afin de proposer à l’ANR un projet ambitieux intitulé « Microbial responses to terrestrial dissolved organic matter input in freshwater and marine ecosystems in a changing environment (RESTORE) » (défi : Gestion sobre des ressources et adaptation au changement climatique). Pour la deuxième soumission, ce projet est placé cette année en liste complémentaire. Il sera resoumis à l’appel d’offre 2019, avec nous l’espérons de bonnes chances de succès. Par ailleurs, je suis porteur d’un projet soumis à l’appel d’offre Ecotron-Ile de France 2019 sur la même thématique. Un étudiant, L. Tisserand, débutera une thèse en octobre 2018 sous ma responsabilité sur cette thématique.

Photobiologie microbienne et environnementale : Le rayonnement solaire affecte les bactéries marines à la fois de manière directe (e.g., dommages ADN et protéiques) et indirecte (modifications photochimiques de la MO). J’ai étudié ces effets sur le métabolisme et la diversité de communautés bactériennes de différents environnements aquatiques (lagunes, milieux côtiers sous influence ou non d’apports fluviatiles, milieux océaniques) et par des approches expérimentales au laboratoire en utilisant différents modèles de bactéries ou des molécules organiques types. J’ai été porteur d’une ATIPE de l’INSU, puis de différents projets soutenus par différents programmes du CNRS. Ces travaux ont contribué notamment à préciser :

- la profondeur maximale d’impact du rayonnement UV sur les bactéries et le rôle du mélange vertical dans la mitigation de ces effets (Conan et al. 2008 ; Joux et al. 2009, Meador et al. 2009, Bertoni et al. 2011) ;

- la diversité spécifique de sensibilité des bactéries marines au stress UV (Joux et al. 1999 ; Agogué et al. 2008, Matallana-Surget et al. 2012) ;

- le rôle des limitations en éléments nutritifs et de la température de croissance des bactéries dans l’induction des dommages ADN (Abboudi et al. 2008b, Matallana-Surget et al. 2010) ;

- le rôle de la composition nucléotidique du génome bactérien dans les dommages induits par les UV et le rôle de la photoréparation (Matallana-Surget et al. 2008, 2009a) ;

- les modifications du protéome de deux bactéries marines induites par les rayonnements UV-B, UV-A et visible (Matallana-Surget et al. 2009b, 2012);

- le rôle de photosensibilisateurs dans la dégradation photochimique de la MO dissoute et de pesticides (Chaabane et al. 2007, Tedetti et al. 2007, Christodoulou et al. 2010, Vaughan et al. 2010)

- les effets de la transformation photochimique de la MO dissoute sur l’activité et la diversité des communautés bactériennes (Abboudi et al. 2008a, Tedetti et al. 2009).

Mes recherches en photobiologie environnementale m’ont amené à m’intéresser au modèle bactérien Photobacterium angustum (travaux de thèses de S. Matallana-Surget et M. Abboudi puis de postdoctorat de S. Matallana-Surget). Cette bactérie qui présente une forte résistance au stress UV-B a été étudiée du point de vue de l’induction des dommages ADN et des modifications du protéome afin d’identifier les gènes impliqués dans cette résistance. Des ressources génétiques sont actuellement développées au LOMIC sur cette bactérie dans le cadre du programme European Marine Biological Resource Centre (EMBRC). Les lignées rapportrices ainsi générées permettront notamment d’explorer la photobiologie de cette bactérie marine de manière plus fine et pourront servir au développement de biosenseurs présentant des intérêts en microbiologie appliquée (e.g., tests de toxicité).

Ecotoxicologie microbienne : Un autre axe de ma recherche concerne l’impact des polluants sur les microorganismes en milieu marin. J’ai coordonné un projet EC2CO sur cette thématique regroupant 7 laboratoires avec des expertises pluridisciplinaires. Un des résultats issus de ces travaux est le développement de tests de toxicité réalisés à partir de lignées recombinées luminescentes de la microalgue marine eucaryote Ostreococcus tauri (Sanchez-Ferandin et al. 2013).Cette approche sensible et à haut débit constitue un outil particulièrement adapté pour étudier notamment les effets cocktails de polluants et les interactions avec les conditions environnementales. Cette approche fait actuellement l’objet d’une recherche de transfert de technologie avec une entreprise en collaboration avec la SATT Lutech (voir Activités liées à la diffusion des résultats de la recherche et aux relations avec les entreprises). Enfin, cet axe de recherche m’a conduit à développer un nouvel enseignement en écotoxicologie microbienne qui remporte un grand succès auprès des étudiants de Sorbonne Université (voir Responsabilités gestion d’unités d’enseignement).

PhD students

Lucas Tisserand

Laetitia Dadaglio

Valentina Vades

Postdoc

Eva Ortega-Retuerta

Publications

Researcher ID : F-8107-2010

Google Scholar

H-index : 31

2022

• Lizotte M., B. Juhls, A. Matsuoka, P. Massicotte, G. Mével, D. O. J. Anikina, S. Antonova, G. Bécu, M. Béguin, S. Bélanger, T. Bossé-Demers, L. Bröder, F. Bruyant, G. Chaillou, J. Comte, R-M. Couture, E. Devred, G. Deslongchamps, T. Dezutter, M. Dillon, D. Doxaran, A. Flamand, F. Fell, J. Ferland, M-H. Forget, M. Fritz, T. J. Gordon, C. Guilmette, A. Hilborn, R. Hussherr, C. Irish, F. Joux, L. Kipp, A. Laberge-Carignan, H. Lantuit, E. Leymarie, A. Mannino, J. Maury, P. Overduin, L. Oziel, C. Stedmon, C. Thomas, L. Tisserand, J-É Tremblay, J. Vonk, D. Whalen, M. Babin. Nunataryuk field campaigns: Understanding the origin and fate of terrestrial organic matter in the coastal waters of the Mackenzie Delta region. Earth System Science Data (IF: 9.917) https://doi.org/10.5194/essd-2022-163
• Bruyant F., R. Amiraux, M.-P. Amyot, P. Archambault, L. Artigue, L. Bardedo de Freitas, G. Bécu, S. Bélanger, P. Bourgain, A. Bricaud, E. Brouard, C. Brunet, T. Burgers, D. Caleb, K. Chalut, H. Clautre, V. Cornet-Barthaux, P. Coupel, M. Cusa, F. Cusset, L. Dadaglio, M. Davelaar, G. Deslongchamps, C. Dimier, J. Dinasquet, D. Dumont, B. Else, I. Eulaers, J. Ferland, G. Filteau, M.-H. Forget, J. Fort, L. Fortier, M. Galí-Tapías, M. Gallinari, S.-E. Garbus, N. Garcia, C. Gérikas Ribeiro, C. Gombault, P. Gourvil, C. Goyens, C. Grant, P-L. Grondin, P. Guillot, S. Hillion, R. Hussher, F. Joux, H. Joy-Warren, Gabriel Joyal, David Kieber, Augustin Lafond, José Lagunas-Morales, Patrick Lajeunesse, C. Lalande, J. Larivière, F. Le Gall, K. Leblanc, M. Leblanc, J. Legras, K. Levesque, K-M. Lewis, E. Leymarie, A. Leynaert, T. Linkowski, M. Lizotte, A. Lopes do Santos, C. Marec, D. Marie, G. Massé, P. Massicotte, A. Matsuoka, L. Miller, S. Mirshak, N. Morata, B. Moriceau, P-I. Morin, S. Morisset, A. Mosbech, A. Mucci, G. Nadaï, C . Nozais, I. Obernosterer, T. Paire, C. Panagiotopoulos, M. Parenteau, N. Pelletier, M. Picheral, B. Quéguiner, P. Raimbault, J. Ras, E. Rehm, L. Ribot Lacosta, J-F. Rontani, B. Saint-Béat, J. Sansoulet, N. Sardet, C. Schmechtig, A. Sciandra, R. Sempéré, C. Sévigny, J. Toullec, M. Tragin, J-E. Tremblay, A-P. Trottier, D. Vaulot, A. Vladoiu, L. Xue, G. Yunda-Guarin, M. Babin. The Green Edge cruise: Understanding the onset, life and fate of the Arctic phytoplankton spring bloom. Earth System Science Data (IF: 9.917) https://doi.org/10.5194/essd-2022-41

2021

• Massicotte P., Amon R., Antoine D., Archambault P., Balzano S., Bélanger S., Benner R., Bœuf D., Bricaud A., Bruyant F., Chaillou G., Chami M., Charrière B., Chen J., Claustre H., Coupel P., Delsaut N., Doxaran D., Ehn J., Fichot C., Forget M-H., Fu P., Gagnon J., Garcia N., Gasser B., Ghiglione J-F., Gorsky G., Gosselin M., Gourvil P., Gratton Y., Guillot P., Heipieper H.J., Heussner S., Hooker S.B., Huot Y., Jacq V., Jeanthon C., Jeffrey W., Joux F., Kawamura K., Lansard B., Leymarie E., Link H., Lovejoy C., Marec C., Marie D., Martin J., Massé G., Matsuoka A., McKague V., Mignot A., William L. Miller, Miquel J-C., Mucci A., Ono K., Ortega E., Panagiotopoulos C. , Papakyriakou T. , Para J., Picheral M., Piepenburg D., Prieur L., Raimbault P., Ras J., Reynolds R. A., Rochon A., Rontani J-F., Schmechtig C., Schmidt S., Sempéré R., Shen Y., Song G., Stramski D., Stroud G.D., Eri Tachibana, Thirouard A., Tolosa I., Tremblay J-E., Vaïtilingom M., Daniel Vaulot, Vaultier F., Volkman K.J., Jorien E. Vonk, Xie H., Zheng G., Marcel B. (2021) The Malina oceanographic expedition: How do changes in ice cover, permafrost and UV radiation impact biodiversity and biogeochemical fluxes in the Arctic Ocean? Earth System Science Data 13: 1561–1592 (IF: 9.917)
• Burot C., Amiraux R., Bonin P., Guasco S., Babin M., Joux F., Marie D., Vilgrain L., Heipieper H., Rontani J-F. (2021) Viability and stress state of bacteria associated with suspended particulate matter in summer along a transect in Baffin Bay (Arctic Ocean). Science of the Total Environment. 770:145252 (IF: 6.551)

2020

• Saint-Béat, B., Fath, B.D., Aubry, C., Colombet, J., Dinasquet, J., Fortier, L., Galindo, V., Grondin, P.-L., Joux, F., Lalande, C., LeBlanc, M., Raimbault, P., Sime-Ngando, T., Tremblay, J.-E., Vaulot, D., Maps, F. and Babin, M. (2020) Contrasting pelagic ecosystem functioning in eastern and western Baffin Bay revealed by trophic network modeling. Elem Sci Anth, 8(1), p.1. DOI: http://doi.org/10.1525/elementa.397

• Tisserand L., Dadaglio L., Intertaglia L., Catala P., Panagiotopoulos C., Obernosterer I., Joux F. (2020) Use of organic exudates from two polar diatoms by bacterial isolates from the Arctic Ocean. Phil. Trans. R. Soc. A. 378: 201903 http://dx.doi.org/10.1098/rsta.2019.0356

• Massicotte, P., Amiraux, R., Amyot, M.-P., Archambault, P., Ardyna, M., Arnaud, L., Artigue, L., Aubry, C., Ayotte, P., Bécu, G., Bélanger, S., Benner, R., Bittig, H. C., Bricaud, A., Brossier, É., Bruyant, F., Chauvaud, L., Christiansen-Stowe, D., Claustre, H., Cornet-Barthaux, V., Coupel, P., Cox, C., Delaforge, A., Dezutter, T., Dimier, C., Dominé, F., Dufour, F., Dufresne, C., Dumont, D., Ehn, J., Else, B., Ferland, J., Forget, M.-H., Fortier, L., Galí, M., Galindo, V., Gallinari, M., Garcia, N., Gérikas-Ribeiro, C., Gourdal, M., Gourvil, P., Goyens, C., Grondin, P.-L., Guillot, P., Guilmette, C., Houssais, M.-N., Joux, F., Lacour, L., Lacour, T., Lafond, A., Lagunas, J., Lalande, C., Laliberté, J., Lambert-Girard, S., Larivière, J., Lavaud, J., Le Gall, F., LeBaron, A., Leblanc, K., Legras, J., Lemire, M., Levasseur, M., Leymarie, E., Leynaert, A., Lopes dos Santos, A., Lourenço, A., Mah, D., Marec, C., Marie, D., Martin, N., Marty, C., Marty, S., Massé, G., Matsuoka, A., Matthes, L., Moriceau, B., Muller, P.-E., Mundy, C. J., Neukermans, G., Oziel, L., Panagiotopoulos, C., Pangazi, J.-J., Picard, G., Picheral, M., Pinczon du Sel, F., Pogorzelec, N., Probert, I., Queguiner, B., Raimbault, P., Ras, J., Rehm, E., Reimer, E., Rontani, J.-F., Rysgaard, S., Saint-Béat, B., Sampei, M., Sansoulet, J., Schmidt, S., Sempéré, R., Sévigny, C., Shen, Y., Tragin, M., Tremblay, J.-É., Vaulot, D., Verin, G., Vivier, F., Vladoiu, A., Whitehead, J., and Babin, M. (2020) Green Edge ice camp campaigns: understanding the processes controlling the under-ice Arctic phytoplankton spring bloom. Earth Syst. Sci. Data, 12, 151–176. https://doi.org/10.5194/essd-12-151-2020

• Ortega-Retuerta E., Devresse Q., Caparros J., Marie B. Crispi O., Catala P. Joux F. Obernosterer I. (2020) Dissolved organic matter released by two marine bacterial strains and its bioavailability for Mediterranean Sea prokaryotic communities. Environ. Microbiol. (in revision).

2018

• Dadaglio L., Dinasquet J., Obernosterer I, Joux F. (2018) . Differential responses of bacteria to diatom-derived dissolved organic matter in the Arctic Ocean. Aquatic Microbial Ecology 82 : 59–72 (abstract)

• Valdes V., Fernandez C, Molina V., Escribano R., Joux F. (2018) Dissolved compounds excreted by copepods reshape the diversity and the activity of marine bacterioplankton community. Frontiers in Marine Sciences 4 :343 https://doi.org/10.3389/fmars.2017.00343

• Blanchet M., Fernandez C., Joux F. (2018) Photoreactivity of riverine and phytoplanktonic dissolved organic matter and its effects on the marine bacterial growth and composition in Mediterranean Sea. Progress in Oceanography. 163 : 82-93 DOI: 10.1016/j.pocean.2017.03.003t (abstract)

2017

• Blanchet M., Pringault O., Panagiotopoulos C., Lefèvre D., Charrière B., Ghiglione J-F., Fernandez C., Aparicio-Bernat Francisco L., Marrase C., Catala P., Oriol L., Caparros J., Joux F. (2017) When riverine dissolved organic matter (DOM) meets labile DOM in coastal waters: changes in bacterial community activity and composition. Aquatic Science 79:27–43 (abstract)

2015

• Faure D., Bonin P., Duran R. the Microbial Ecology EC2CO consortium. Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues. Environmental Science and Pollution Research 22:13577-13598 (abstract)  

• Blanchet M., Pringaut O., Bouvy M. Catala P., Oriol L., Caparros J., Ortega E., Intertaglia L., West N., Agis M., Got P., Joux F. (2014) Changes in bacterial community metabolism and composition during the degradation of dissolved organic matter from the jellyfish Aurelia aurita in a Mediterranean coastal lagoon. Environnmental Science and Pollution Research 22:13638-13653 (abstract)

2014

• Doberva M., Ferandin Y., Intertaglia L., Joux F., Lebaron P., Lami R. (2014) Draft Genome Sequence of Maribius MOLA 401, a marine bacteria with a quorum sensing cell dependent physiology. Genome Annoucements. 2: e00997-14 (abstract)

• Ortega-Retuerta E., Fichot C., Arrigo K., Joux F. (2014) Relationship between temperature and substrate on bacterial activity under a massive under-ice phytoplankton bloom in the Chukchi Sea. Deep-Sea Research II 105:74-84 (abstract)

2013

• Matallana-Surget S., Cavicchioli R., Fauconnier C., Wattiez R., Leroy B., Joux F., Raftery M., Lebaron P. (2013) Dinitrophenylhydrazide redox proteomics: A new approach to identifying carbonylated proteins as biomarkers of UVB stress. PlosOne 8(7):e68112 (abstract)

• Sanchez-Ferandin S., Leroy F., Bouget F-Y., Joux F. (2013) A new, sensitive marine microalgal recombinant biosensor using luminescence monitoring for toxicity testing of antifouling biocides. Applied Environmental Microbiology 79:631-638 (abstract)

• Ortega-Retuerta E., Joux F., Jeffrey W.H., Ghiglione J-F. Spatial variability of particle-attached and free-living bacterial diversity in surface water from the Mackenzie River to the Beaufort Sea (Canadian Arctic). Biogeosciences 10:4785-4800 (abstract)

• Le Fouest V., Zakardjian B., Raimbault P., Xie H., Joux F., Babin M. Plankton ecosystem functioning and nitrogen fluxes in the oligotrophic waters of the Mackenzie Shelf, Arctic Ocean: a modeling study. Biogeosciences 10:4785-4800 (abstract)

• Forest A., Babin M., Stemmann L., Picheral M., Sampei M., Fortier L., Gratton Y., Bélanger S., Devred E., Sahlin J., Doxaran D., Joux F., Ortega-Retuerta E., Jeffrey W.H., Martín J., Gasser B., J.C. Miquel J.C. (2012) Ecosystem function and particle flux dynamics across the Mackenzie Shelf (Beaufort Sea, Arctic Ocean): an integrative analysis of spatial variability and biophysical forcings. Biogeosciences 10:2833-2866 (abstract)

2012

• Matallana-Surget S., Villette C., Intertaglia L., Joux F., Lebaron P. (2012) Response to UVB radiation and oxidative stress of marine bacteria isolated from South Pacific Ocean and Mediterranean Sea. Journal of Photochemistry and Photobiology B : Biology 117:254–261 (abstract)

• Matallana-Surget S., Joux F., Wattiez R., Lebaron P. Proteome analysis of the UVB-resistant marine bacterium, Photobacterium angustum S14. PlosOne 7(8): e42299. doi:10.1371/journal.pone.0042299 (abstract)

• Ortega-Retuerta E., Jeffrey W.H., Ghiglione J-F., Joux F. (2012) Evidence of heterotrophic prokaryotic activity limitation by nitrogen in the Western Arctic Ocean during summer. Polar Biology. 35:785–794 (abstract)

• Ortega-Retuerta E., Jeffrey W.H., Babin M., Bélanger S., Benner R., Marie D., A. Matsuoka, Raimbault P., Joux F. (2012) Carbon fluxes in the Canadian Arctic: patterns and drivers of bacterial abundance, production and respiration on the Beaufort Sea margin. Biogeosciences 9:3679-3692 (abstract)

2011

• Bertoni R., Jeffrey W.H., Pujo-Pay M., Oriol L., Conan P. Joux F. (2011)  Influence of water mixing on the inhibitory effect of UV radiation on primary and bacterial production in Mediterranean coastal water. Aquatic Science 73:377-387 (abstract)

• Durrieu de Madron X., ..., Joux F., et al. (93 authors) (2011) Marine ecosystems’ responses to climatic and anthropogenic forcings in the Mediterranean by ’The MERMEX Group’. Progress in Oceanography. 91:97-166 (abstract)

• Auger P. A., Diaz F., Ulses C., Estournel C., Neveux J., Joux F., Pujo-Pay M., Naudin J-J. (2011) Functioning of the planktonic ecosystem of the Rhone River plume (NW Mediterranean) during spring and its impact on the carbon export: a field data and 3-D modelling combined approach. Biogeosciences 8:3231-3261 (abstract)

2010

• Vaughan P., Bullock A., Joux F., Jeffrey W.H. (2010) The effects of solar radiation on the stability of ³H-thymidine and ³H-leucine during bacterioplankton measurments. Limnology Oceanography Methods8:562-566 (abstract)

• Christodoulou S., Joux F., Marty J-C., Sempéré R., Rontani J.-F. (2010) Comparative study of UV and visible light induced degradation of lipids in non-axenic senescent cells of Emiliania huxleyi. Marine Chemistry119:139-152 (abstract)

• Matallana-Surget S., Douki T., Meador J., Cavicchioli R., Joux F. (2010) Influence of growth temperature and starvation state on survival and DNA damage induction in the marine bacterium Sphingopyxis alaskensis exposed to UV radiation. Journal of Photochemistry and Photobiology: B Biology 100:51-5 (abstract)

2009

• Christaki U., Courties C., Joux F., Jeffrey W.H., Neveux J., Naudin J.-J. (2009) Community structure and trophic role of ciliates and heterotrophic nanoflagellates in Rhone River diluted mesoscale structures (NW Mediterranean Sea). Aquatic Microbial Ecology 57:236-277 (abstract)

• Matallana-Surget S., Joux F., Raftery M., Cavicchioli R. (2009) The response of the marine bacterium Sphingopyxis alaskensis to solar radiation assessed by quantitative proteomics. Environmental Microbiology 10:2660-2675 (abstract)

• Matallana-Surget S., Douki T., Cavicchioli R., Joux F. (2009) Remarkable resistance to UVB of the marine bacterium Photobacterium angsutum explained by an unexpected role of photolyase. Special issue « Environmental UV radiation » Photochemistry and Photobiology Science 8:1313-1320 (abstract)

• Tedetti M., Joux F., Charrière B., Mopper K., Sempéré S. (2009) Contrasting effects of solar radiation and nitrates on the biovailability of DOM to marine bacteria. Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 201:243-247 (abstract)

• Joux F., Jeffrey W.H., Abboudi M., Pujo-Pay M., Oriol L., Neveux J., Naudin J.-J. (2009) Ultraviolet radiation in the Rhône lenses of low salinity and marine waters of the northwestern Mediterranean Sea: attenuation and effects on bacterial production and net community production. Photochemistry & Photobiology 85:783-793 (abstract)

• Meador J.A., Baldwin A.J., Catala P., Jeffrey W.H., Joux F., Moss J.A., Pakulski J.D., Stevens R., Mitchell D.L. (2009) Sunlight-induced DNA damage in marine microorganisms collected along a latitudinal gradient from 70°N to 68°S. Photochemistry & Photobiology 85:412-420 (abstract)

2008

• Matallana-Surget S., Meador J.A., Joux F., Douki T. (2008) Effect of the GC content of DNA on the distribution of UVB-induced bipyrimidine photoproducts. Photobiogical Photochemical Science. 7:794-801 (abstract)

• Abboudi M., Matallana-Surget S., Rontani J.-F., Sempéré R., Joux F. (2008) Physiological alteration of the marine bacterium Vibrio angustum S14 exposed to simulated sunlight during growth. Current Microbiology. 57:412-417 (abstract)

• Conan P., Joux F., Torréton J.-P., Pujo-Pay M., Douki T., Rochelle-Newall E., Mari X. (2008) Impact of solar ultraviolet radiation on bacterio- and phytoplankton activity in a large coral reef lagoon (SW New Caledonia). Aquatic Microbial Ecology. 52 :83-98 (abstract)

• Abboudi M., Jeffrey W.H., Ghiglione J.-F., Pujo-Pay M., Oriol L., Sempéré R., Charrière B., Joux F. (2008) Effects of photochemical transformations of dissolved organic matter on bacterial metabolism and diversity in three contrasting coastal sites in the northwestern Mediterranean Sea during summer. Microbial Ecology 55:344-357 (abstract)

• Belviso S., Bopp L., Mosseri J., Tedetti M., Garcia N., Griffiths B., Joux F., Obernosterer I., Uitz J., Veldhuis M.J.W. (2008) Effect of natural iron fertilisation on the distribution of DMS and DMSP in the Indian sector of the Southern Ocean, Deep-Sea Research II 55:893-900 (abstract)

2007

• Chaabane H., Vuillet E., Joux F., Lantoine F., Conan P., Cooper J.-F., Coste C.-M. (2007) Photodegradation of sulcotrione in aquatic environments and toxicity of its photoproducts for some marine microorganisms. Water Research. 41:1781-1789 (abstract)

• Tedetti M., Kawamura K., Narukawa M., Joux F., Charrière B., Sempéré R. (2007) Hydroxyl radical-induced photochemical formation of dicarboxylic acids from unsaturated fatty acid (oleic acid) in aqueous solution. J. Photochem. Photobiol. A: Chem. 188:135-139 (abstract)

2006

• Pujo-Pay M., Conan P., Joux F., Oriol L., Naudin J.-J., Cauwet G. (2006) Impact of phytoplankton and bacterial production on nutrient and DOM uptake in the Rhône River plume (NW Mediterranean). Marine Ecology Progress Series 315:43-54 (abstract)

2005

• Joux F., Agogué H., Obernosterer I., Dupuy C., Reinthaler T., Herndl G.J., Lebaron P. (2005) Microbial community structure in the sea surface microlayer at two contrasting coastal sites in the Northwestern Mediterranean Sea. Aquatic Microbial Ecology 42:91-104 (abstract)

• Joux F., Servais P., Naudin J.-J., Lebaron P., Oriol L., Courties C. (2005) Distribution of picophytoplankton and bacterioplankton along a river plume gradient in the Mediterranean Sea. Vie Milieu 55:197-208 (abstract)

• Baldwin A.J., Moss J.A., Pakulski J.D., Catala P., Joux F., Jeffrey W.H. (2005) Microbial Diversity in a Pacific Ocean transect from the Arctic to Antarctic circles. Aquatic Microbial Ecology 41:91-102 (abstract)

• Agogué H., Joux F., Obernosterer I., Lebaron P. (2005) Resistance of marine bacterioneuston to solar radiation. Applied Environmental Microbiology 71:5282-5289 (abstract) (pdf)

• Agogué H., Casamayor E.O., Bourrain M., Obernosterer I., Joux F., Herndl G.J., Lebaron P. (2005) A survey on bacteria inhabiting the sea surface microlayer of coastal ecosystems. FEMS Microbiology Ecology 54:269-280 (abstract)

2004

• Agogué H., Casamayor E.O., Joux F., Obernosterer I., Dupuy C., Lantoine F., Catala P., Weinbauer M.G., Reinthaler T., Herndl G.J., Lebaron P. (2004) Comparison of samplers for the biological characterization of the sea surface microlayer. Limnology Oceanography Methods 2:213-225 (abstract)

2003

• Grémare A., Amouroux J.-M., Cauwet G., Charles F., Courties C., deBovée F., Dinet A., Devenon J.-L., Durrieu de Madron X., Fraunié P., Joux F., Lantoine F., Lebaron P., Naudin J.-J., Palanques A., Pujo-Pay M., Zudaire L. (2003) The effects of a strong winter storm on physical and biological variables at a shelf site in the Mediterranean. Oceanologica Acta. 26:407-419 (abstract)

2001

• Lebaron P., Agogué H., Courties C., Servais P., Joux F. (2001) Does the nucleic acid content of individual bacterial cells allow to discriminate the most active cells in aquatic environments? Applied Environmental Microbiology 67: 1775-1782 (abstract) (pdf)

• Servais P., Agogué H., Courties C., Joux F., Lebaron P. (2001) Are the actively respiring cells (CTC+) those responsible of bacterial production in aquatic environments? FEMS Microbiolgy Ecology 35:171-179 (abstract)

2000

• Bernard L., Schafer H., Joux F., Courties C., Muyzer G., Lebaron P. (2000) Genetic diversity of total, active and culturable marine bacteria in coastal waters. Aquatic Microbial Ecology 23:1-11 (abstract)

• Joux F., Lebaron P. (2000) Use of fluorescent probes to assess physiological functions of bacteria at the single cell level. Microbial Infection 2:1523-1535 (abstract)

1999

• Joux F., Jeffrey W.H., Lebaron P., Mitchell D. (1999) Marine bacteria isolates display diverse responses to UV-B radiation. Applied Environmental Microbiology 65:3820-3827 (abstract) (pdf)

1998

• Troussellier M., Bonnefont J.-L., Courties C., Derrien A., Dupray E., Gauthier M., Gourmelon M., Joux F., Lebaron P., Martin Y., Pommepuy M. (1998) Responses of enteric bacteria to environmental stresses in seawater. Oceanologica Acta 21:965-981 (abstract)

1997

• Joux F., Lebaron P. (1997) Ecological implication of an improved direct viable count method for aquatic bacteria. Applied Environmental Microbiology 63:3643-3647 (abstract) (pdf)

• Joux F., Lebaron P., Troussellier M. (1997) Changes in cellular states of the marine bacterium Deleya aquamarina under starvation conditions. Applied Environmental Microbiology 63:2686-2694 (abstract) (pdf)

• Joux F., Lebaron P., Troussellier M. (1997) Succession of cellular states in a Salmonella typhimurium population during starvation in artificial seawater microcosms. FEMS Microbiology Ecology 22: 65-76 (abstract)

• Lebaron P., Catala P., Fajon C., Joux F., Baudart J., Bernard L. (1997) A new method to improve the sensitivity of FISH techniques for the detection of bacteria using rRNA biotinylated-oligonucleotidic probes and tyramine-system-amplification. Applied Environmental Microbiology 63:3274-3278 (abstract) (pdf)

1994

• Lebaron P., Joux F. (1994) Flow cytometric analysis of the cellular DNA content of Salmonella typhimurium and Alteromonas haloplanktis during starvation and recovery in seawater. Applied Environmental Microbiology 60:4345-4350 (abstract) (pdf)

Chapitres d'ouvrages

• Lami R., Grimaud R., Sanchez-Brosseau S., Six C., Thomas F., West N.J., Joux F., Urios L. (2021) Marine bacterial models for experimental biology. In: Established and emerging marine organisms in experimental biology. Boutet B. & Schierwater B. (eds). CRC Press. DOI: 10.1201/9781003217503-1

• Joux F., Bertrand J-C., De Wit R., Grossi V., Intertaglia L., Lebaron P., Michotey V., Normand P., Peyret P., Raimbault P., Tamburini C., Urios L. (2014) Methods for studying microorganisms in the environment. In: Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications. J-C. Bertrand, P. Caumette, P. Lebaron, P. Normand (eds). Elsvevier Press. pp.757-830. (abtract)

• Joux F., Bertrand J-C., De Wit R., Grossi V., Intertaglia L., Lebaron P., Michotey V., Normand P., Peyret P., Raimbault P., Tamburini C., Urios L. (2011) Méthodes d’étude des micro-organismes dans l’environnement. In: Ecologie microbienne. J-C Bertrand, P Caumette, P Lebaron, P Normand (eds). Presses Universitaires de Pau (abstract)

• Williams T., Joux F., Lauro F.M., Matallana-Surget S., Cavicchioli R. (2011) Physiology of marine oligotrophic ultramicrobacteria. In: Extremophiles handbook. K Horikoshi, G Antranikian, F Robb, K Stetter, AT Bull (eds). Springer (book presentation)

Publications rang B

• Mattalana-Surget S., Joux F., Lebaron P., Cavicchioli R. (2007) Isolement et caractérisation de bactéries marines oligotrophes. Journal de la Société de Biologie 201:41-50 (abstract)

• Joux F., Lebaron P. (1995) Application en écologie bactérienne des sondes oligonucléotidiques fluorescentes par les techniques d'hybridation et de cytométrie. Océanis 21:125-138.

Actes de colloques

• JouxF., BougetF-Y, CharlesF., SanchezS., CooperJ-F., BertrandC., AspeD., MunaronD., LeboulangerC., DurrieuC., VolatierL. Distribution, dégradation et impacts écotoxicologiques sur les microorganismes des pesticides dans les milieux côtiers et lagunaires méditerranéens. Colloque de restitution du Programme national Ecosphère COntinentale et CÔtière (EC2CO), Toulouse, 23-25 novembre 2010.

• Joux F., Leroy F., Sanchez-Ferandin S., Bouget F-Y. Evaluation de la toxicité de pesticides au moyen de biocapteurs luminescents de la microalgue marine Ostreococcus tauri. Acte de colloque du 40^ème congrès du Groupe Français des Pesticides, Banyuls-sur-mer, 26-28 Mai 2010.

• Vuilliet E., Chaabane H., Joux F., Cooper J.-F., Coste C.-M. 2006. Dégradations abiotiques de la sulcotrione et de la mésotrione en milieux aqueux. Acte de colloque du 35^ème congrès du Groupe Français des Pesticides, Marne-la-Vallée, 18-20 Mai 2005.

• Mari X, Torréton J.-P., Rochelle-Newall E., Pringault O., Weinbauer M., Rassoulzadegan F., Dolan J., Migon C., Nicolas E., Pedrotti M.-L., Joux F., Conan P.Rôle des particules exopolymériques transparentes dans le transfert des contaminants métalliques vers la phase particulaire. Colloque de restitution du Programme National coordonné ANR «Ecosphère continentale, risques environnementaux», Toulouse, 5-7 Décembre 2005.

• Conan P., Pujo-Pay M., Joux F., Naudin J-J., Oriol L., Déliat G., Cauwet G. Variabilité et influence des apports rhodaniens que la production primaire et sur la structuration de l'écosystème côtier du golfe du Lion (Méditerranée NW). Actes de Colloque Rhône-Méditerranée. Marseille, 5-7 Mai 2004.

• Garcia N., Guitart C., Dachs J., Bayona J.M., Wyse E., Fowler E.S., Joux F., Casamayor E., Agogué H., Herndl G., Brinis A., Momzikoff A., Sailot A., Albaigés J., Lebaron P. (2003). Chemical and biological structure of the sea surface microlayer (AIRWIN), in: Caumette, P. et al. (Ed.) (2003). The impact of human activities on the marine environment quality and health: the EC impacts cluster: Proceedings of the first workshop (February 2002, Pau, France). ISBN 2-908930-86-2. pp. 147-163

Conférences internationales

Ortega-Retuerta E., Devresse Q., Crispi O., Caparros J., Joux F., Obernosterer I. Characterizing dissolved organic matter production by marine bacterioplankton and its bioavailability for natural microbial communities. Gordon Research Conference

Joux F., Chédri N., Bouget F-Y., Schatt P., Jeffrey W., Tedetti M., Guigue C., Goutx M. Toxic effects of crude oil, dispersant and oil-dispersant on the marine microalgae Ostreococcus tauri assessed by a luminescent biosensor approach. Oil Spill and Ecosystem Science Conference, Houston, Texas. February 16-19, 2015. (poster)

Blanchet M., Joux F., Catala P., Oriol L., Caparros J., Ortega E., Intertaglia L., West N., Pringaut O., Agis M., Bouvy B. Changes in metabolic activity and diversity of the bacterial community from a Mediterranean coastal lagoon during the degradation of dissolved organic matter from the jellyfish Aurelia aurita. 13^th Symphosium of Aquatic Microbial Ecology, Stresa, Italy. 8-13 Sept. 2013 (poster)

Ortega-Retuerta E., Joux F., Jeffrey W.H., Ghiglione J.-F. Spatial variability in particle attached and free living bacterial diversity in surface waters from the Mackensie River to the Beaufort Sea (Canadian Arctic). ASLO Aquatic Sciences Meeting. New Orleans, Louisiana, USA. 17-22 February, 2013 (poster)

Matallana-Surget S., Fauconnier C., Joux F., Wattiez R., Lebaron P. Redox proteomics: A new approach to identifying carbonylated proteins as biomarkers of UVB radiation in the marine bacterium Photobacterium angustum S14 (Poster presentation). ISME Copenhagen, Denmark, 19-24 August, 2012.

Ortega-Retuerta E., Joux F., Jeffrey W.H., Ghiglione J.-F. Exploring bacterioplankton diversity in the Canadian arctic: patterns of free-living and particle-attached bacterial communities from the Mackensie River to the Beaufort Sea. Ocean Science Meeting, Salt Lake City, USA, 20-24 February, 2012. (poster)

Forest A., Babin M., Stemman L., Picheral M., Guidi L., Raimbault P., Joux F. Vertical and lateral POC fluxes across the shelf-slope-basin system of the southeastern Beaufort Sea: a true case of complexity. Gordon Research Conferences, Ventura, CA, USA, 20-25 March, 2011.

Matallana-Surget S., Joux F., Wattiez R., Lebaron P. Quantitative proteomic profiles of exponentially growing cells of the marine bacterium Photobacterium angustum exposed to UVB radiation. (Oral communication) BIT’s First Word Congress of Marine Biotechnology, Dalian China, April 25-29th, 2011.

Ortega-Retuerta E., Joux F., Jeffrey W.H., Ghiglione J.-F. Prokaryotic heterotrophic activity and diversity in the western Arctic Ocean: patterns and controlling factors. ASLO Aquatic Sciences meeting. San Juan, Puerto Rico, 13-18 February, 2011.

Tournoud M.G., Salles C., Bancon-Montigny C, Munaron D., Rodier C., Joux F. First flush effect of hazardous substances during a flash autumn flood in an intermittent Mediterranean river. European Geosciences Union, 6th General Assembly, Vienna, Austria, 2-7 May 2010

Joux F., Leroy F., Sanchez S., Bouget F-Y. Evaluation of pesticides toxicity using biosensors of the photosynthetic picoeukaryote Ostreococcus tauri. (Oral communication) 39^th CIESM Congress (Commission Internationale pour l’Exploration Scientifique de la Mer Méditerranée), Venice, Italy,10-14 May 2010.

Leboulanger C., Munaron D., Joux F., Petit M., Bertrand C., Cooper J-F., Tournoud M.-G., Rodier C., Fouilland E. Aspe D.Concentration, fate and toxicity to phytoplanktonic species of diuron and glyphosate in coastal and lagoon waters of Mediterranean Sea. (Oral communication) 4th European Conference on Coastal Lagoon Research, Montpellier, France, 14-18 December 2009.

Böttjer D., Caparros J., Conan P., Escande M.-L., Ghiglione J.-F., Joux F., Naudin J.-J., Pujo-Pay M. Viral versus grazing control of phytoplankton and bacterial biomass in the Rhône River plume (North-Western Mediterranean Sea). (Poster presentation) ASLO Aquatic Science Meeting, Nice, France, January 25-30, 2009.

Cathalot C., Buscail R., Ghiglione J.-F., Joux F., Kerhervé P., Lansard B., Tisnerat-Laborde N., Treignier C., Rabouille C. The fate of the Rhone River delivery to the coastal ocean: investigating the seasonal pattern. ASLO Aquatic Science Meeting, Nice, France, January 25-30, 2009.

Matallana-Surget S., JouxF., Raftery M., Cavicchioli R. UV response of the marine oligotrophic ultramicrobacterium Sphingopyxis alaskensis, assessed by a quantitative proteomic approach using iTRAQ (Oral presentation) International Conference on Proteomics in Plants, Microorganisms and Environment, PROTEOMLUX, Luxembourg, October 22-25, 2008.

Douki T., Matallana-Surget S., Meador J.A., Joux F. G+C content of genomes is a key parameter for the distribution of UVB-induced bipyrimidine DNA photoproducts. (Oral presentation) 34th American Society for Photobiology Meeting, Burlingame, CA, June 20-25, 2008.

Chaabane H., Joux F., Cooper J.-F. Photolytic degradation of Sulcotrione in water media: influence of some inorganic dissolved species. (Poster présentation) 5th International Congress of Mediterranean Group on Pesticide Research (MGPR), Agadir, Morocco, November 21-24th 2007.

Joux F., Jeffrey W.H., Abboudi M., Pujo-Pay M., Oriol L., Neveux J., Naudin J.-J. UV radiation penetration and biological impact on low salinity Rhone River mesoscale structures in the NW Mediterranean Sea. (Poster presentation) 10^th Symposium on Aquatic Microbial Ecology, Faro, Portugal, September 2-7^th 2007.

Matallana-Surget S., Meador J., Joux F., Douki T. UVB-induced DNA damage: high proportion of mutagenic photoproducts in GC-rich genomes. (Poster presentation) 12^th Congress of the European Society for Photobiology, Bath, U.K. September 1-6^th 2007.

Matallana-Surget S., Joux F., Meador J., Douki T., Cavicchioli R. How the DNA composition and the physiological state of marine bacteria may modify their DNA damages and their sensitivity to UV radiation? (Oral communication). 12^th Congress of the European Society for Photobiology, Bath, U.K. September 1-6^th 2007.

Sempéré R., Tedetti M., Charrière B., Abboudi M., Joux F. Molecular distribution of dicarboxylic acids and related polar compounds in the Rhone River and coastal Mediterranean seawater in relation with photochemical and bacterial processes. (Oral communication). 38^th CIESM (Commission Internationale pour l’Exploration Scientifique de la Mer Méditerranée) Congress, Istanbul, Turkey, April 9-13^th 2007.

Abboudi M., Joux F., Jeffrey W.H., Ghiglione J.-F., Pujo-Pay M., Oriol L., Sempéré R., Charrière B. Effects of photochemical transformations of dissolved organic matter on bacterial metabolism and diversity. (Oral communication). 38^th CIESM (Commission Internationale pour l’Exploration Scientifique de la Mer Méditerranée) Congress, Istanbul, Turkey, April 9-13^th 2007.

Sempéré R., Tedetti M., Charrière B., Abboudi M., Joux F., Nérini D., Miller W., Mopper K., Panagiopoulos. UV impact on dissolved organic matter availability in marine waters: subsequent effects for bacterial cycling. (Oral communication). Geophysical Research Abstract, Vol. 9, 11170 European Geosciences Union. Vienna, Austria, April 15-20^th 2007,

Joux F., Conan P., Lantoine F., Obernosterer I., Jeffrey W.H., Baldwin A., Abboudi M., Sempéré R. Impact of solar UV radiation on bacterioplankton and phytoplankton biomasses and activities at different depths in NW Mediterranean coastal water during summer. (Oral communication) 11^th Congress of the European Society for Photobiology, Aix-les-Bains, September 3-8^th 2005.

Matallana-Surget S., Joux F., Douki T. Combined effects of nutrient limitations and UV radiation on viability, metabolic activities and DNA damages in the marine Vibrio angustum S14. (Poster presentation) 11^th Congress of the European Society for Photobiology, Aix-les-Bains, September 3-8^th 2005.

Joux F., Conan P., Lantoine F., Obernosterer I., Jeffrey W.H., Abboudi M., Sempéré R. Depth distribution of solar UV radiation effects on bacterioplankton and phytoplankton in NW Mediterranean coastal water during summer. (Poster presentation) American Society of Limnology and Oceanography meeting. Santiago de Compostella, Spain, June 19-24^th 2005.

Jeffrey W.H., Baldwin A.J., Pakulski J.D., Catala P., Joux F. Microbial diversity in a Pacific Ocean transect from the Arctic to Antarctic circles. (Poster presentation) American Society of Limnology and Oceanography meeting. Santiago de Compostella, Spain, June 19-24^th 2005.

Charrière B., Tedetti M., Sempéré R., Joux F., Wagner E., Kawamura K., Miller W., Mopper K. Impact of ultraviolet radiation on dissolved organic matter cycling by bacteria in coastal Meditternean Sea. (Poster presentation) American Society of Limnology and Oceanography meeting. Santiago de Compostella, Spain, June 19-24^th 2005.

Tedetti, M., Sempéré R., Joux F., Abboudi M., Charrière B., Wagner E., Kawamura K., Miller W., Mopper K. The impact of ultra-violet radiation (UVR) on dissolved organic matter cycling by bacteria in the coastal Mediterranean Sea. (Poster presentation) Surface Ocean Lower Atmosphere Study, Open Science Conference, Halifax Canada, October 12-16th 2004.

Tedetti, M., Sempéré R., Joux F., Belviso S., Chamy M., Goyet C., Monzikoff A., Partensky F. The UVECO-proof project: induction of microbial community responses and dissolved organic matter transformations by ultra violet radiation in marine ecosystems (Poster presentation). European Geophysical Society – American Geophysical Union - European Union of Geosciences, Nice, April 2003.

Agogué H., Joux F., Casamayor E., Lebaron P., Herndl G., Weinbauer M., Reinthaler T. Structure of the microbial food webs at the air-water interface. (Oral communication). 8^th Symposium on Aquatic Microbial Ecology, Taormina, Italie, October 25-30^th 2002.

Joux F., Conan P., Lantoine F., Pujo-Pay M., Oriol L., Zudaire L., Casamayor E., Lebaron P. Temporal changes in the nutrient limitation of bacterioplankton and phytoplankton in coastal seawater of northwestern Mediterranean. (Poster presentation) 8^th Symposium on Aquatic Microbial Ecology, Taormina, Italie, October 25-30^th 2002.

Conan P., Pujo-Pay M., Joux F., Oriol L., Naudin J-J., Cauwet G., 2000. Relationships between nutrients, primary production, bacterial production and dissolved organic matter under the Rhône river influence. Congrès international ASLO summer meeting. June 5-9, Copenhagen, Denmark.

Joux, F., Lebaron P., Jeffrey W.H.Diversity of responses among marine bacteria during UV-B exposure and subsequent recovery. (Poster presentation) 98th General Meeting of the American Society for Microbiology. Atlanta, Etats-Unis, 1998

Joux, F., Lebaron P., Troussellier M. 1996. Cellular analysis of the effects of temperature and nutrient stresses on physiological functions of Deleya aquamarina. (Poster presentation) 5th European Marine Microbiology Symphosium. Bergen, Norvège

Joux, F., Lebaron P. 1996. An improved direct viable count method for aquatic bacteria using combination of antibiotics and flow cytometric analysis. (Poster presentation) 5th European Marine Microbiology Symphosium. Bergen, Norvège.

Troussellier M, Lebaron P., Courties C., Joux F. Modifications in cellular characteristics of Salmonella typhimurium and Escherichia coli during survival-starvation. (Poster presentation) 6th International Symphosium on Microbial Ecology. Barcelone, Espagne. 1996

Pilotage de projets de recherche

• ANR RESTORE (PI: F. Joux) "Microbial responses to terrestrial dissolved organic matter input in freshwater and marine ecosystems in a changing environment". Programme ANR CE32 : Dynamique des socio-écosystèmes et de leurs composants en vue de leur gestion durable. Durée : 2020-2024. 8 laboratoires partenaires. Budget : 553 k€.
• TOMATO (PI : F. Joux). "Response of aquatic microbes to inputs of terrestrial organic matter from different origins at different temperatures". Call for research proposals at Ecotron IleDeFrance. Durée : 2019. 5 laboratoires impliqués. 42,000 €. 3 laboratoires impliqués.

• EXPERT (PI : F. Joux). "Influence de l’excrétion de matière organique par le phytoplancton sous différentes conditions environnementales sur la composition et le métabolisme des bactéries marines". Programme LEFE-CYBER (PI : F. Joux). Durée : 2016-2017. 3 laboratoires impliqués. 39,100 € .

• COMEDIA "Carbon isOtopes discriMination in freshwater and Marine Ecosystems DurIng exchange with the Atmosphere" - Soutien à des actions thématiques transversalesCARESE-SU Sorbonne Universités (PIs : F. Joux, G. Lacroix). Durée : 2016. 3 laboratoires impliqués. 7,500 €.

• IMPEC "Importance du Priming effect sur le devenir du carbone et de l’azote organique en milieu côtier", Programme Ecosphère Continentale et Côtière (CNRS-INSU) (PI : F. Joux). Durée : 2013-2014. 3 laboratoires impliqués. 45,000 €.

• PROMO "Provenance and reactivity of organic matter in the ocean", programme ECCOS-SUD (PIs : F. Joux & R. Escribano). Durée : 2013-2015. Echanges de chercheurs/PhDs entre le LOMIC et l’université de Concepcion.

• VIMODIV "Discrimination entre les bactéries viables et mortes lors de l’analyse de la diversité de communautés bactériennes par des techniques basées sur l’amplification de l’ADN". Projet financé par le LOMIC dans le cadre des actions spécifiques (PI : F. Joux). Durée : 2012. 4,500 €.

• PHOTOMED "Metabolic and structural changes of the bacterial community in response to the phototransformations of dissolved and particulate organic matter in the Mediterranean Sea", programme MISTRAL Action MERMEX (CNRS-INSU) (PI : F. Joux). Durée : 2011-2012. 2 laboratoires impliqués. 20,000 €

• DIGAMÉ "Distribution, dégradation et impacts écotoxicologiques sur les microorganismes des pesticides dans les milieux côtiers et lagunaires méditerranéens", Programme Ecosphère Continentale et Côtière (CNRS-INSU) (PI : F. Joux). Durée : 2008-2009. 7 laboratoires impliqués. 95,500 €

• Responsable du groupe de travail "Activité bactérienne" au sein du Projet ANR MALINA "How changes in ice cover, permafrost and UV radiation impact on biodiversity and biogeochemical fluxes in the Arctic Ocean" (PI : M. Babin). Durée : 2009-2011. 108,200 €

• NSF-CNRS "The effect of nutrient limitation on the response of marine bacterioplankton to solar ultraviolet radiation: A comparison between nitrogen and phosphorus limited ecosystems". (PI : F. Joux & W. Jeffrey). Durée : 2003-2006. 9,000 €

• UVECO "Induction of microbial community responses and dissolved organic matter transformations by UltraViolet radiation in marine ECOsystems", programme PROcessus biogéochimiques dans l’Océan et Flux (PROOF) CNRS-INSU (PI : F. Joux & R. Sempéré). Durée : 2003 - 2006. 4 laboratoires impliqués. 130,000 €

• ATIP "Réponse des bactéries marines au stress radiatif : rôle de l'environnement chimique immédiat", Action Thématique Incitative sur Programme et équipe (ATIP)", soutenue par le CNRS SDU (PI : F. Joux). Durée : 2002 - 2005. 46,000 €.- "Importance du Priming Effect sur le devenir du carbone et de l’azote organique en milieu côtier  (IMPEC)". Programme EC2CO CNRS-INSU. Durée : 2013-2014. 3 laboratoires impliqués.

Projets de recherche en tant que partenaire

• GREEN EDGE "Biological productivity in the Arctic Ocean: past, present and future response to climate variations, and impacts on carbon fluxes, the marine food web and local human communities" ANR Fonctionnement Terre fluide solide (PI : M. Babin). Durée : 2015-2019.

• JDA2 EMBRC "Development and characterization of genetic resources". European Marine Biological Resource Centre – France. Programme grand emprunt Infrastructure Biologie-Santé (Dir. : B. Kloareg).

• LIA MORFUN "Laboratoire International Associé « Marine Biogeochemical and Functional Ecology" regroupant l’Observatoire Océanologique de Banyuls et le Center for Oceanographic Research in the Eastern South Pacific (Université de Concepción, Chili) (Dir. : C. Fernandez). Durée : 2015-2019.
  

• GELPROC "Interactions entre plancton gélatineux et dynamique des communautés procaryotiques". Programme Ecosphère Continentale et Côtière (CNRS-INSU) (PI : M. Bouvy). Durée : 2010-2011.

• MAMBA "Marine metagenomics for new biotechnological applications". Collaborative Project European Union FP7 (PI : P. Golishin). Durée : 2009-2013.

• CHACCRA "Climate and human-induced alterations in carbon cycling at the river-sea connection" ANR, Programme Vulnérabilité : milieux et climat (PI : C. Rabouille). Durée : 2007-2009.

• BIOROFI "Biogeochemical processes in the Rhone freshwater Influence". Programme National Environnement Côtier, CNRS-IFREMER (PI: J-J. Naudin). Durée : 2005-2006.

• "The molecular basis of oligotrophy : an integrated genomic and functional proteomic study of the effects of the model marine oligotroph, Sphingopyxis alaskensis". Australian Research Council (PI : R. Cavicchioli, UNSW, Sydney, Australia). Durée : 2004-2008.

• AIRWIN "Structure and role of biological communities involved in the transport and transformation of persistent pollutants at the marine air-water Interface". Integrated Project FP5 (PI : P. Lebaron). Durée : 2001-2003.

• BIODYPAR "Biogéochimie et dynamique du panache du Rhône" Programme National Environnement Côtier, CNRS-IFREMER (PI : J-J. Naudin). Durée : 1999-2000."Interaction entre plancton gélatineux et dynamique des communautés procaryotiques (GELPROC)" Programme EC2CO, CNRS. Responsable : M. Bouvy. Durée : 2010-2011