Publication in Cell journal: Determination and Inference of Eukaryotic Transcription Factor Sequence Specificity
Détermination et prédiction des sites de reconnaissance des facteurs de transcription eucaryotes
Un consortium international mené par des chercheurs de l’Université de Toronto, auquel est associé le Laboratoire d’Océanographie Microbienne (LOMIC, UMR7621 UPMC-CNRS, Observatoire Océanologique, Banyuls sur Mer) a déterminé et prédit les séquences ADN de fixation d’environ un tiers des facteurs de transcription eucaryotes connus, chez 131 espèces. Cette étude a permis d’identifier des facteurs de transcription potentiellement associés à des maladies génétiques humaines. Le travail mené chez la microalgue marine Ostreococcus tauri au LOMIC devrait permettre d’identifier les réseaux de gènes impliqués dans la réponse aux stress environnementaux ainsi que de développer des approches d’ingénierie métabolique en biotechnologie
Référence :
Matthew T. Weirauch, Ally Yang, Mihai Albu, Atina G. Cote, Alejandro Montenegro-Montero, Philipp Drewe, Hamed S. Najafabadi, Samuel A. Lambert, Ishminder Mann, Kate Cook, Hong Zheng, Alejandra Goity, Harm van Bakel, Jean-Claude Lozano, Mary Galli, Mathew G. Lewsey, Eryong Huang, Tuhin Mukherjee, Xiaoting Chen, John S. Reece-Hoyes, Sridhar Govindarajan, Gad Shaulsky, Albertha J.M. Walhout, François-Yves Bouget, Gunnar Ratsch, Luis F. Larrondo, Joseph R. Ecker, Timothy R. Hughes (2014). Determination and Inference of Eukaryotic Transcription Factor Sequence Specificity. Cell 158:1431-1443.
Contact chercheur: François-Yves Bouget
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Mots-clefs
Ecophysiologie, forçages environnementaux, fer, phosphate, azote, lumière, photopériode